В июле Зюсс наблюдал на Везувии залеченный разрыв 1872 года, а в августе он уже выступал на собрании своих избирателей в Вене. Политическая жизнь снова заполнила его.
Осень этого года также была тревожна. Оккупация Боснии и Герцеговины не обошлась без вооруженного сопротивления порабощенного славянского населения, и крови было пролито много. Отношение к оккупации в парламенте было различное. Немецкая партия в большинстве осталась на прежних позициях и высказывалась против оккупации. Зюсс и его друзья возмущались этим и были озабочены расколом, который грозил немецкой партии при обсуждении в парламенте постановлений Берлинского конгресса и внешней политики министерства. В парламенте Зюсс выступал докладчиком от имени комиссии, одобрявшей решение Берлинского конгресса. Немецкая партия раскололась — 42 члена ее голосовали против оккупации.
В эти трудные дни зимы 1878–1879 года Зюссу пришлось заняться еще одним ответственным делом. 10 февраля в каменноугольной копи Деллингер, расположенной в семи с половиной километрах от курорта Теплица, из забоя угольного пласта в 14 метров толщины начала просачиваться вода. Количество ее все увеличивалось, и она сделалась теплой. На следующий день, когда эта и три соседние копи были затоплены, погибло много рабочих. Через два дня заметили уменьшение силы горячих источников курорта, которые на следующий день совершенно иссякли.
Геологи Лаубе и Вольф были вызваны в Теплиц. Зюсса командировал туда же министр, ведавший горным делом. Управление города Теплица, благосостояние которого всецело зависело от минеральных источников, привлекавших больных из всей Европы, было в отчаянии. Уже получались телеграфные приказы о возврате ссуд по закладным на домовладения. Люди устремились в сберегательные кассы за своими вкладами, и везде образовались очереди. Проснувшись утром в гостинице, Зюсс увидел возле кровати коленопреклоненного человека. Это был чистильщик обуви, который умолял его спасти город. Машины на копях были остановлены — они не могли справиться с притоком воды — и горнорабочие внезапно сделались безработными. Одних губило исчезновение воды, других — ее появление.
Эксперты-геологи быстро выяснили причину катастрофы. Минеральные источники Теплица вытекают из большого купола порфира (изверженной породы), окруженного водонепроницаемой толщей глины. Угольные копи на глубине прорезали эту толщу, и минеральная вода, вместо того, чтобы подниматься по трещинам порфира на поверхность, нашла более легкий путь на низком уровне и проникла в подземные выработки копей. Чтобы спасти курорт и копи, предложили углубить в Теплице шахту почти до уровня прорыва и запретили выкачивать воду из копей, так как последнее вызвало бы дальнейший размыв прорыва и постоянное отсасывание минеральной воды. По окончании углубления шахты, которое отвлекло минеральную воду, откачали воду из копей и заделали прорыв. Эти работы продолжались целый год, в течение которого копи бездействовали, а Теплиц имел огромное количество воды.