В 1939 году ГУГБ вынудили убрать с территории военных свой старейший плацдарм - Третье управление Наркомата обороны, которым руководили офицеры тайной полиции, полностью отвечавшие за контрразведку в Красной Армии. С тех пор у военных было собственное подразделение контрразведки; разведка противника в пограничных военных округах также перешла в ведение Разведупра.
Разведупр получил также доступ в святая святых спецслужб и самую заповедную зону тайной полиции - к кодам и шифрам. Офицеры советской разведки слишком хорошо понимали, что во время войны разведработа главным образом сведется к схватке тайных передатчиков и радистов, отсюда и быстрое развитие специального радиоотдела, замаскированного под Институт золота в Горках Ленинских под Москвой, и специальные курсы радиотелеграфистов в самой столице. Без своих кодов и шифров в предстоящей радиовойне разведка была обречена на поражение. Поэтому Разведупру был придан свой собственный шифровальный отдел под руководством подполковника Кравченко.
Сами по себе технические новшества не могли обеспечить победу в грядущей войне разведок. Разведупру не хватало подготовленных разведчиков, радистов и шифровальщиков. Поэтому Главное управление на Кропоткинской для работы в условиях подполья искало кадры среди офицеров Красной Армии. Желания работать у новых сотрудников хватало, но этого было недостаточно. Чтобы стать мастерами шпионского ремесла, им требовалась хорошая подготовка.
И здесь Разведупру тоже пришлось начать с нуля: ежовскую чистку прошли даже даже разведшколы Красной Армии. В начале 1939 года возобновила работу закрытая тайной полицией Разведывательная школа, которой был придан статус военной академии. Школу связистов в Сокольниках объединили с ещё одним армейским учреждением и превратили в Центральный институт подготовки сотрудников разведки, а специалисты по подготовке разведчиков даже получили доступ в Академию Генерального штаба.
Но Вторая мировая война была уже не за горами, и у Разведупра явно не хватало времени для подготовки нужных кадров. Пересыпкин и его сотрудники работали, не покладая рук. Они создали курсы разведчиков, где спешно набранные офицеры за три-шесть месяцев постигали основы разведывательной работы. Только Центральная разведывательная школа могла позволить себе роскошь полуторагодового курса обучения, но в 1940 году даже его сократили до шести месяцев.
Кадровые сотрудники разведки ворчали, что за столь короткое время разведчика подготовить невозможно, ведь в нормальных условиях на это уходило три-четыре года. Тем не менее должности среднего и младшего уровня быстро заполнились новыми людьми.