Но не только на рыбаков влияют изменившиеся условия, стоящие на вершине пищевой цепи животные, таки, как киты, дельфины и т.д., тоже ощущают на себе это воздействие. Прежде всего, животные, питающиеся рыбой, страдают из-за миграции косяков рыб, большие проблемы возникают у усатых китов, которые питаются планктоном. Из-за гибели планктона киты вынуждены мигрировать в другие регионы. В 1982-83 годах у северных берегов Перу было замечено только 1742 кита (финвалы, горбачи, кашалоты), в то время как в обычные годы наблюдалось 5038 китов. На основании этой статистики можно сделать вывод, что киты очень остро реагируют на изменившиеся условия обитания. Так же и пустые желудки китов являются признаком недостатка пищи у животных. В экстремальных случаях в желудках китов содержится на 40,5% меньше пищи, чем обычно. Некоторые киты, не сумевшие вовремя уйти из обедневших регионов, погибали, но бóльшее количество китов ушло в северном направлении, например, в Британскую Колумбию, где в этот период наблюдалось в три раза больше финвалов, чем обычно.
Наряду с негативными последствиями воздействия Эль-Ниньо, есть ряд положительных изменений, например, бум, связанный с добычей ракушек. Большое количество ракушек, появившееся в 1982-83 годах, позволило выжить пострадавшим в финансовом плане рыбакам. В добыче ракушек было задействовано более 600 рыбацких лодок. Рыбаки приезжали издалека, чтобы хоть как-то пережить годы Эль-Ниньо. Причиной разросшейся популяции ракушек стало то, что они предпочитают теплую воду, из-за чего выигрывают в изменившихся условиях. Такая терпимость к теплой воде, как предполагают, досталась им в наследство от предков, которые жили в тропических водах. Ракушки в годы Эль-Ниньо распространились на глубине 6 метров, т.е. вблизи побережья (обычно они обитают на глубине в 20 метров), что позволило рыбакам с их простыми орудиями лова добывать ракушки. Такой сценарий разворачивался особенно ярко в бухте Паракаса.
Интенсивная добыча этих беспозвоночных организмов какое-то время протекала хорошо. Только в конце 1985 года ракушки были почти все выловлены и в начале 1986 года был введен многомесячный мораторий на добычу ракушек. Этот государственный запрет не соблюдался многими рыбаками, из-за чего популяция ракушек была почти полностью истреблена.
Взрывное распространение популяции ракушек можно проследить по окаменелостям на 4000 лет назад, так что это явление не является чем-то новым и выдающимся. Наряду с ракушками необходимо упомянуть и кораллы. Кораллы деляться на две группы: первая группа – это кораллы, образующие рифы, они предпочитают теплую, чистую воду тропических морей. Вторая группа – это мягкие кораллы, которые хорошо чувствуют себя при температуре воды до -2°C у берегов Антарктиды или северной Норвегии. Рифообразующие кораллы чаще всего встречаются у Галапагосских островов, еще бóльшую популяцию можно найти в восточной части Тихого океана у Мексики, Колумбии и в Карибском бассейне. Странно то, что рифообразующие кораллы плохо реагируют на потепление воды, хотя они и предпочитают теплую воду. Из-за надолго потеплевшей воды кораллы начинают погибать. Эта массовая гибель в некоторых местах достигает таких масштабов, что вымирают целые колонии. Причины этого явления еще мало изучены, на данный момент известен только результат. Такой сценарий разыгрывается с наибольшей интенсивностью у Галапагосских островов.