В циркуляции Волкера решающим фактором является различная температура воды. Над холодной водой находится холодный и сухой воздух, который переносится с помощью воздушных потоков (юго-восточных пассатов) на запад. При этом воздух согревается и впитывает влагу, так что он поднимается над западной частью Тихого океана. Часть этого воздуха оттекает в направлении полюса, образуя таким образом ячейку Хадли. Другая часть движется на высоте вдоль экватора на восток, опускается вниз и таким образом заканчивает циркуляцию. Особенностью циркуляции Волкера является то, что она не отклоняется из-за силы Кориолиса, а проходит точно через экватор, где сила Кориолиса не действует. Для того чтобы лучше понять причины возникновения Эль-Нинью в связи с ЮО и циркуляцией Волкера, возьмем в помощь южную систему осцилляции Эль-Ниньо. На ее основании можно составить законченную картину циркуляции. Этот механизм регуляции сильно зависит от субтропической зоны высокого давления. Если она сильно выражена, то это является причиной сильного юго-восточного пассата. Он, в свою очередь, вызывает усиление деятельности области подъемной силы у южно-американского побережья и, таким образом, понижение температуры поверхности воды вблизи экватора.
Это состояние называют фазой Ла-Нинья, которая является противоположностью Эль-Ниньо. Циркуляция Волкера приводится дополнительно в движение с помощью холодной температуры поверхности воды. Это ведет к низкому атмосферному давлению в Джакарте (Индонезия) и связано с небольшим количеством осадком на Кантон-Айленде (Полинезия). Из-за ослабления ячейки Хадли происходит понижение атмосферного давления в субтропической зоне высокого давления, следствием чего является ослабление пассатов. Подъемная сила у Южной Америки уменьшается и позволяет температуре поверхности воды в экваториальном участке Тихого океана значительно вырасти. В этой ситуации весьма вероятно наступление Эль-Ниньо. Теплая вода у Перу, которая во время Эль-Ниньо особенно выражена в виде языка теплой воды, является причиной ослабления циркуляции Волкера. С этим связаны сильные осадки в Кантон-Айленде и падающее атмосферное давление в Джакарте.
Последней составной частью в этом круговороте является усиление циркуляции Хадли, следствием чего становится сильное повышение давление в субтропической зоне. Этот упрощенный механизм регуляции связанных между собой атмосферно-океанических циркуляций в тропической и субтропической южной части Тихого океана объясняет чередование Эль-Ниньо и Ла-Нинья. Если подробнее рассмотреть феномен Эль-Ниньо, то становится понятным, что большое значение имеют экваториальные волны Кельвина.