Курсы жили полнокровной жизнью. Постоянно устраивались литературно-музыкальные вечера, публичные лекции; по воскресеньям организовывались экскурсии в музеи и пригороды Петербурга. Активно участвовали курсистки и в общественной жизни страны.
Весной 1886 года указом министра народного просвещения был запрещен прием на курсы, которые в условиях нарастающего студенческого движения были признаны «безусловно вредными». Особое совещание, проходившее под руководством министра народного просвещения И. Д. Делянова, постановило прекратить деятельность курсов, «пока не будет выработан устав, программы и правила предполагаемого высшего женского учебного заведения». На совещании было признано необходимым вообще «пресечь скопление в больших городах молодых девиц, ищущих не столько знания, сколько превратно понимаемой ими свободы».[426]
Разработка устава и программы курсов была поручена специальной комиссии при министерстве просвещения под председательством М. С. Волконского. Прежде всего, в комиссию были затребованы сведения от администрации курсов о том, сколько слушательниц обладают достаточными для «собственного содержания» средствами, а также об участницах политических демонстраций и бестужевках, находящихся под надзором полиции. После рассмотрения этих материалов комиссия пришла к выводу, что открытие курсов «следует признать роковой случайностью».
Тогда в комиссию Волконского были поданы ходатайства педагогического совета Бестужевских курсов, ряда профессоров Петербургского университета и членов «Общества для доставления средств высшим женским курсам». Эти обращения получили значительный общественный резонанс, вызвавший еще ряд петиций. Рост общественного недовольства побудил правительство в 1889 году возобновить прием на курсы, однако на иных условиях. Согласно новому «Временному положению» курсы, оставаясь частным учебным заведением, не давали никаких прав ни преподавателям, ни окончившим его слушательницам; директор курсов назначался и оплачивался министерством просвещения. Прежний директор профессор А. Н. Бекетов уволен, отстранена от работы на курсах и Н. В. Стасова.
По «Положению» вся деятельность курсов контролировалась министерством. Хозяйственной частью курсов стал заведовать попечительский совет, члены которого назначались министерством. Ежегодный прием был определен в 150 человек, плата за обучение была увеличена в 2 раза — до 100 руб. за полугодие, за проживание в интернате до 300 руб. за 10 месяцев.
Но, несмотря на это, количество бестужевок все возрастало. В 1889/90 учебном году их было 144, в 1890/91 — 136, 1891/92 — 236, в 1895/96 — 695.