В конце восьмидесятых годов остро встал вопрос об увеличении организационно-штатной численности подразделения специального назначения из-за возросших нагрузок, количества и сложности боевых задач. Было принято решение о создании в составе одной из частей дивизии им. Ф. Дзержинского батальона специального назначения на базе УРСН. В декабре 1989 года командование соединения приступило к формированию УБСН и организации учебного процесса. Командиром батальона был назначен майор С. Лысюк, заместителем по работе с личным составом — майор О. Кублин, заместителем по специальной подготовке — старший лейтенант В. Путилов, начальником штаба — майор С. Житихин.
К январю 1990 года УБСН был полностью сформирован и приступил к занятиям. Однако вскоре батальон был направлен в Баку, где после трагических январских событий спецназовцы выполняли ряд задач, с которыми им пришлось столкнуться впервые. Одна из групп, возглавляемая майором С. Лысюком, осуществляла в Нахичеванской автономной области охрану Государственной границы СССР. Спецназовцы участвовали в операциях по пресечению незаконного провоза оружия и наркотиков, а также ликвидации незаконных вооруженных формирований на территории Азербайджана.
В марте 1990 года поступило сообщение из Еревана о том, что боевики в качестве заложников захватили несколько бойцов милицейского полка — военнослужащих одной из частей внутренних войск, выполнявших служебные задачи в столице Армении. Перед бойцами УБСН была поставлена задача — найти и освободить заложников, обезвредить террористов. При этом каждое неосторожное действие «краповых беретов» могло заставить боевиков расправиться со своими жертвами. Были и другие трудности — определить местонахождение банды, ее численность и вооружение. Рассчитывать на помощь местных жителей не приходилось. Люди были запуганы террористами и рисковать собственной жизнью и жизнями своих близких не собирались. Спецназовцам оставалось самим найти месторасположение базы боевиков, где, по оперативным данным, и удерживались заложники. После многих дней упорных поисков наконец-то улыбнулась удача — база боевиков была обнаружена в районе города Иждевана. Тщательно спланированная и успешно проведенная спецназом операция позволила ликвидировать террористов и освободить заложников.
26 июня 1990 года УБСН вновь поднят по тревоге и направлен в Нагорный Карабах для выполнения боевых задач по сопровождению колонн беженцев, патрулированию на вертолетах границы между Арменией и Азербайджаном.
Командировка в Нагорный Карабах закончилась 9 августа. Прошло чуть больше недели, и спецназ совместно с группой «А» принимает участие в беспрецедентной по своему масштабу операции по обезвреживанию преступников в сухумском изоляторе временного содержания. Указом Президента СССР за успешное проведение операции по освобождению заложников в изоляторе временного содержания города Сухуми и проявленные при этом мужество и героизм двадцать семь военнослужащих УБСН были награждены государственными наградами. Это была одна из самых ярких страниц в истории спецназа.