Два года Алексей голодал, маялся без места, а потом чудом поступил в Медико-хирургическую академию. Став студентом, он сразу примкнул к народникам, сделавшись в год одним из видных пропагандистов «Земли и Воли». Он участвовал во многих кружках, участвовал и в первом хождении в народ, а когда оно провалилось, был среди тех народников, кто доказывал, что необходимо создавать в деревне постоянные поселения, иначе крестьян на восстание не поднять.
Позже он говорил сыну, что уход из церкви в нор одничество, в народ как в храм, было для него своего рода переменой веры. Теперь в нем осталась только совершенно внецерковная вера в добро и сделать с собой он ничего не может. Получив, наконец, диплом врача, он немедленно поехал на Дон — родину казачьей вольницы и там, поселившись в станице Прибрежной, пытался одновременно лечить людей и готовить их к революции. Он был цельный человек и, несомненнo, воспринимал медицину как религиозное служение. Служение народу, который обладает неким высшим знанием и который теперь был для него так же свят, непогрешим, как раньше — церковь. Этому народу было плохо, холодно, голодно, бедно, он был гоним и насилуем: власть предержащими, но он был святой народ. Завет был заключен именно с ним. Чтобы он был достоин избрания, достоин упований, которые возлагали на него другие народы, его надо было поднять на восстание против угнетателей.
Алексей был добрый, безотказный человек, отличный врач многих он вылечил, многим просто спас жизнь и все равно спустя несколько месяцев, как он там поселился, в уездный город на него пошли доносы. Едва ли не каждый, кто в деревне был грамотеи, стремился отличиться — первым сообщить, что Лептагов занимается антиправительственной деятельностью. Когда становой, арестовав, увозил Лептагова в город, станица чуть ли не поголовно провожала его несколько верст — и те, кто доносили на него, и те, кто нет, плакали, целовали ему руки, совали на дорогу припасы. Вне всяких сомнений, они его любили и хотели, чтобы он к ним вернулся.
Эта история, вполне, впрочем, для того времени обычная, потрясла Лептагова не меньше, чем его отвержение церковью. Он вышел из «Земли и Воли» и больше принимать участие в спасении народа никогда не соглашался. Как врач он уже успел получить известность, и присяжные в Новочеркасске, где был суд, отнеслись к нему мягко. Дали ему всего три года ссылки, отбывал их под Саратовом, после чего вернулся туда, где учился, — в Петербург, В столице в несколько лет он стал одним из самых популярных детских врачей и к концу жизни, готовясь предстать перед Богом, мог сказать, что из тех, кому он помог родиться, легко составится население среднего города.