В его отсутствие ситуация в Молдавии изменялась быстро и бурно.
На волне народнофронтовской активности 1990 г. суверен-номенклатурная элита ССР Молдовы перевела молдавский язык на латиницу и переименовала его в румынский, заменила флаг МССР на румынский триколор, а главное, подтолкнула русскоязычные районы Приднестровья и регионы проживания гагаузов к мощным сеператистским выступлениям, закончившимся образованием непризнанной Приднестровской Молдавской Республики.
Кабинет национал-радикала Мирчи Друка пал в феврале 1991 г. и сменился сначала национал-коммунистическим правительством Валерия Муравского (1991—1992), а потом – левоцентристским кабинетом во главе с Андреем Сангели (1992—1997). Фактически власть в стране перешла в руки «агропромышленного директората» во главе с президентом Мирчей Снегуром (1991—1996), премьер-министром Андреем Сангели и влиятельным спикером парламента, членом последнего состава Политбюро ЦК КПСС Петром Лучинским (1993—1996).
Все эти годы небольшую и небогатую Молдавию терзали проблемы, которые приходилось решать и народу, и власти. Неурегулированный конфликт с Приднестровьем был только одной из них. Второй стало нарастание серьезнейших противоречий между частью политической элиты и национальной интеллигенции, избравшей «румынский вектор» в качестве единственного внешнеполитического вектора страны, с одной стороны, и устойчивой экономической и социально-психологической ориентацией подавляющего большинства населения на сохранение и укрепление связей с Россией – с другой.
Это противоречие, нараставшее в информационно-политическом поле страны, оставалось под практически полным контролем прорумынского лобби, и именно с ним в своих публичных заявлениях, решениях и действиях должны были считаться умеренные и вполне советские по своему менталитету лидеры молдавского истеблишмента. С другой стороны, подавляющее большинство пассивного, по преимуществу сельского, электората оставалось глубоко чуждым «румынским веяниям» и впадало во все более острую ностальгию по простым и понятным советским временам.
Тем временем Владимир Воронин, выйдя из резерва МВД России на пенсию, вернулся в Молдавию, все еще оставаясь под спасительной сенью «советской системы подбора и расстановки кадров». Но свои номенклатурные мечты он вовсе не оставил. В строгой координации со своими российскими товарищами он приступил к возрождению Коммунистической партии в Молдавии.
Компартия Молдавии – как и КПСС в России – была запрещена после августа 1991 г. Как и в России, Конституционный суд признал законность прекращения деятельности оргструктур КПСС, но оставил возможность легализации коммунистической партии как новой политической силы, не являющейся продолжателем КПСС. В 1993 г., опираясь на судебные решения, Владимир Воронин в точности последовал за своим партийным товарищем Геннадием Зюгановым. В октябре была созвана учредительная конференция «новой» Партии коммунистов Республики Молдова (ПКРМ), оргкомитет которой возглавил Воронин. С 1994 г. он стал первым секретарем ЦК ПКРМ, а в апреле партия поручила ему провести ее официальную регистрацию, что позволило бы ей принять участие в парламентских выборах 1994 г.