Военно-морское сотрудничество с Германией началось сразу же после возвращения участников переговоров из Киля. Военно-морской атташе Германии контр-адмирал фон Бонин наряду со своими прямыми обязанностями поначалу вел дела и тех немецких подразделений, которые направлялись в Финляндию. Их возглавил штаб Führer der Torpedoboote, начальник которого капитан третьего ранга Эдвар Вегенер прибыл в Хельсинки 12 июня, а командир — коммодор Ханс фон Бютов, 17 июня 1941 г. Сначала их вместе со штабными офицерами разместили в Суоменлинна, пока 19–20 июня не перебазировали в Вестенд, где в годы войны находился штаб военно-морских сил Финляндии. Прибытие войск в порт Турку началось 9 июня с появления около двухсот военнослужащих роты связи. Половина из них занялась установкой радиостанции в Испойнен, близ Турку, вторая — в Суоменлинне (позднее в Вестенде). Радиостанции были готовы к работе 16 июня 1941 г., но они соблюдали радиотишину вплоть до момента Барбароссы.
Заранее в полной секретности направленный в Финский залив отряд немецких кораблей, насчитывавший в общей сложности около сорока судов, состоял из шести больших минных заградителей, торпедных катеров, их плавучих баз и большого морского буксира. Отряд разделили на две равные группы, одна из которых — Группа Норд, расположилась в архипелаге Турку, вторая — Группа Кобра — близ Порккала. Обе прибыли к району дислокации 14 июня, с помощью финнов под прикрытием островов выбрали места стоянок и замаскировались от воздушной разведки. Поскольку в Порккала не нашлось подходящих укрытий для немецких торпедных катеров, их перевели в Суоменлинна. Финны переправили немецких наблюдателей на маяк Бенгтскар, откуда они могли следить за русскими кораблями, направлявшимися в Ханко. Старшие офицеры обеих групп, готовясь к предстоящей постановке минных заграждений, на финских кораблях ознакомились с судоходными фарватерами архипелагов. Укрытие на протяжении недели большого отряда кораблей Германии в шхерах «нейтральной» Финляндии было наглядным примером спланированного, хотя и не скрепленного договором сотрудничества, свидетельством существовавшей коалиции.
К ранним проявлениям сотрудничества в области военно-воздушных сил помимо закупок самолетов следует отнести учебную поездку финских офицеров в Германию, в зону боевых действий в районе Ла Манша, совершенную под руководством полковника Магнуссона с 25 февраля по 14 марта 1941 г., а также предоставление немцам имевшихся у финнов самолетов западного производства для их изучения (I-16, DB-3, Brewster). Подготовка военных действий началась с обмена офицерами связи. Представителем Люфтваффе в Хельсинки прибыл 12 июня генерал Лоренц, который уже был знаком с Финляндией, организуя минувшей осенью транзит немецких войск в Лапландию. Оперативным офицером связи стал капитан Фридрих-Франц фон Норденшёльд. Финляндия направила в расположение находившегося в Восточной Пруссии, первого штаба Люфтфлотте капитана Паули Эрвина, а в штаб S (Киркенес, Норвегия) 21 июня капитана Олави Лумиала. Границы зон самостоятельных оперативных действий Германии и Финляндии были проведены посреди Финского залива и Оулуярви: воздушное пространство между этими линиями оставалось за финскими ВВС.