После смерти Кромвеля Монк предложил Карлу английский трон, и Карл II стал королем Шотландии, Ирландии и Англии. Шотландцы направили в Лондон пресвитерианского священника преподобного Шарпа, чтобы напомнить королю о его подписи под «Ковенантом». Однако священник вернулся в Шотландию архиепископом Шарпом, и, воодушевленный обретенной властью, назначил епископов, пытаясь заставить растерянных пресвитерианцев принять принципы англиканской церкви. В 1679 году двенадцать приверженцев «Ковенанта» убили Шарпа, обвинив его в предательстве, и шотландцы снова выступили в поход против англичан. После победы в битве при Лоудон-Хилл они потерпели поражение от герцога Монмутского при Ботуэл-Бридж, и тысяча сторонников «Ковенанта» в течение пяти месяцев содержались в заточении в Грейфрайарз Киркйард, где была подписана хартия. Условия содержания пленников были ужасными, и многие из них умерли. Остальных продали в рабство в Америку.
После смерти Карла II в 1685 году трон унаследовал его брат Яков VII (Яков II Английский), который принадлежал к римско-католической церкви и пытался заставить и шотландцев, и англичан принять католицизм. Это вызвало ярость в Англии, и в июле 1688 года английский парламент пригласил правителя Нидерландов Вильгельма Оранского и его супругу Марию занять английский престол. Они согласились и 22 января 1689 года подписали составленную английским парламентом Декларацию, которая ограничивала права короля в отношении государственной религии и устанавливала наследование трона только протестантскими монархами. Шотландский парламент признал новых короля и королеву, но римско-католическая церковь Ирландии была побеждена лишь в битве при Бойне, в честь которой до сих пор проводятся марши оранжистов в Ольстере.
После смерти Вильгельма Оранского английская корона перешла к Анне, дочери Якова IV, которая вышла замуж за принца Ганноверского. В 1706 году была предпринята попытка объединить парламенты Шотландии и Англии, и пресвитерианцы вновь испугались, что англиканская церковь попытается усилить свое влияние среди шотландцев. Через год англичане настояли на объединении, и Шотландия отправила сорок пять представителей в палату общин английского парламента и шестнадцать представителей в палату лордов. Уступка в деле объединения парламентов сопровождалась условием, что Шотландия сохранит свои древние законы и пресвитерианство.
По иронии судьбы после того, как положения «Ковенанта» были гарантированы обоими парламентами, шотландцы лишились последней надежды на возвращение династии Стюартов. Это стало важным фактором, когда англичанами правил король немецкого происхождения.