Позднее он откровенно писал в своих мемуарах: «Шпионаж — это война в мирное время. Разведке нельзя нанести удар разоружением. Интенсивный шпионаж должен предшествовать интенсивному вооружению для подготовки к войне».
Монархия, которой верно служил «молчаливый полковник», рухнула, прежней армии и разведки более не существовало. Как это ни покажется странным, в то время разброда и шатаний, неопределённости после поражения никто не хотел связываться со столь одиозной фигурой профессионального шпиона, как Вальтер Николаи. Даже военное министерство предательски отказалось от разведчика.
Разочарованный, обиженный и обозлённый полковник написал тогда новому правительству официальный запрос, — что ему делать с имевшимися в его распоряжении совершенно секретными архивами военной разведки, в которых содержалась масса интересной и тайной информации? Его запрос вызвал только раздражение: война кончилась, и в Берлине ни одно ведомство не проявило заинтересованности в сохранении архивов разведки и не выразило желания взять их на хранение.
Чтобы отвязаться от назойливого Николаи, чиновники новоявленной республики предложили ему уничтожить секретные документы. Например, путём сожжения. Однако «проклятый шпион» отказался и начал бесконечный марафон по коридорам власти с просьбами помочь сохранить плоды многолетней работы.
Ему удалось добиться положительного решения: сорок восемь тысяч агентурных дел разведки чиновники разрешили хранить в одном из имений в Восточной Пруссии. Николаи немедленно организовал их доставку туда, но спустя два месяца полковника поставили в известность, что архив снова придётся переводить, так как в имении его более держать нельзя. Причины не расшифровывались.
При перевозке секретного разведархива из-за халатности чиновников похитили порядка трёх тысяч дел. Оказалось, что это сделал бельгийский профессор Брюллюэ, который передал их своему правительству. Однако эта история представляется не столь простой и довольно загадочной: три тысячи дел — достаточно большой объём бумаг и вообще, что делал там бельгийский профессор и как он мог получить доступ к бумагам, которые, как коршун, опекал сам полковник Николаи? Скорее всего, похищение организовала французская «Сюртэ женераль», прикрывшись «чужим флагом».
Смирившись с потерей части архива, Николаи начал активно участвовать в создании «теневого рейхсвера». В его рамках он блестяще воссоздал в миниатюре разведывательную систему и уже в 1920 году возобновил ведение агентурной разведки, засылая своих осведомителей и вербуя новых на территории части Германии, оккупированной войсками победивших союзников.