Таким образом, просьба псковичей об учреждении собственной епархии была фактически отклонена. Чем можно объяснить этот отказ, кроме демонстративно подчеркнутого стремления соблюсти «старину»? Наиболее вероятное объяснение — нежелание великого князя идти на полный разрыв с Новгородом в канун большой войны с Казанью. По-видимому, московское правительство питало надежду на победу своих сторонников в Новгороде, а в этих условиях портить отношения с владыкой представлялось весьма нецелесообразным. Действительно, в Новгороде на данном этапе возобладала тенденция к «умиротворению» с Москвой. Новгородские власти отправили посольство к великому князю, в своем конфликте с псковичами считая необходимым апеллировать к его авторитету. В интересах Москвы было поддержать эти настроения, сохранить возможность влиять на новгородские дела. Возможен при этом и другой мотив: поставление во Пскове епископом «псковитина» усиливало влияние на псковскую церковь со стороны местных властей, следовательно, способствовало росту политического значения псковского боярства, что также не удовлетворяло Москву. Во всяком случае, отказ от создания самостоятельной псковской кафедры объективно отвечал интересам новгородского владыки и может нами рассматриваться как важная уступка Новгороду со стороны Москвы.
Зимой 1463/64 г. в условиях наметившегося улучшения новгородско-московских отношений Москва отказалась непосредственно поддержать Псков в его конфликте с Новгородом. Конфликт же этот в связи с конфискацией псковичами владычных земель продолжал обостряться. По сообщению Псковской летописи, в 1464/65 г. «бысть рагоза псковичам с новгородцами» по этому именно поводу. «И новгородцы же бита челом немцем, чтобы им пособили противу псковичь: и немцы ркошася пособити»>20. Это первое прямое известие о союзе Новгорода с Орденом против «младшего брата». Перспектива войны с Новгородом и Орденом, «что воружаются поити на псковичь», а главное — позиция Москвы, вынудили Господин Псков на уступки. В августе 1465 г. посольство псковских посадников в Новгороде согласилось вернуть владения архиепископа («се вам вода и земля владычня»), но отказалось возместить понесенные владыкой убытки. Новгородская сторона, по словам летописца, взяла на себя защиту интересов Ордена («сташа о немецких старинах на немечь исправливати»), из-за чего «много бысть истомы» на переговорах. По-видимому, отношения Новгорода с Орденом к тому времени были достаточно прочными и их союз обретал реальную силу. Тем не менее переговоры закончились успешно: «Взяша новгородцы и псковичи мир по старине». Целование креста повторено было во Пскове «пред новгородскими послы» (приехавшими во Псков «за неделю до Семена дни», т.е. около 25 августа), «что псковичем с новгородцы держати мир по старине, а владыке новгородскому ездити во Псков по старине на свою пошлину». Во исполнение этого архиепископ Иона уже 6 октября въехал во Псков, торжественно встреченный по старинной традиции, и пробыл там до 24 октября