Многие современные открытия имели оборотную сторону. Новая астрономия явила людям поистине захватывающую картину Вселенной. Николай Коперник (1473–1543) рассматривал свои научные исследования как религиозную деятельность, преисполнявшую его благоговением. Однако результаты этих исследований выбивали у многих почву из–под ног. Миф издавна приучил людей верить, что они в своей глубинной сущности связаны со всем мирозданием. Теперь же обнаружилось, что человечеству отведено во Вселенной весьма скромное место — на какой–то захудалой планете, вращающейся вокруг ничем не примечательной звезды. Кроме того, оказалось, что нельзя доверять собственным органам чувств: Земля только кажется неподвижной. С одной стороны, людей все активнее побуждали мыслить самостоятельно, но с другой — они все глубже увязали в зависимости от современных «специалистов», кроме которых никто не мог проникнуть в тайны природы.
Английский философ Фрэнсис Бэкон (1561–1626) выступил с декларацией независимости, решительно взялся освободить науку от оков мифологии. В своем труде «О пользе и успехе знания» (1605) он провозгласил начало новой славной эпохи. Наука положит конец всем человеческим бедам и спасет мир. Ничто не должно препятствовать этому великому начинанию. Все религиозные мифы следует подвергнуть строгому критическому анализу и отбросить те из них, которые противоречат доказанным фактам. Разум — единственный путь к истине. Первым ученым, всецело принявшим эти идеалы эмпиризма, стал, пожалуй, Исаак Ньютон (1642–1727), сведший воедино открытия своих предшественников посредством развивающихся научных методов эксперимента и дедукции. Он был убежден, что несет своим собратьям–людям точное и доселе неведомое знание о мире, что разработанная им концепция устройства мироздания полностью согласуется с фактами и подтверждает существование Бога — «великого Механика», воплотившего в жизнь замысловатый механизм Вселенной.
Однако безоговорочная приверженность логосу не позволяла Ньютону оценить преимущества интуитивного восприятия. Мифология и мистицизм для него были всего лишь примитивными формами мышления. Он считал своей миссией очистить христианство от учения о Троице и прочих подобных доктрин, противоречащих законам логики, не понимая при этом, что греческие богословы IV века изначально ввели догмат о Троице именно как миф, подобный мифам еврейских каббалистов. Как пояснял епископ Григорий Нисский (335–395), Отец, Сын и Дух Святой суть не объективные онтологические факты, а просто образы, в которых неназываемая и невыразимая Божественная природа предстает ограниченному человеческому уму