"Царь сам вел свою армию, мощный во главе её, подобный языку пламени, царь, работающий своим мечом. Он двинулся вперед, ни с кем не сравнимый, убивая врагов, уводя их князей живыми в плен, их колесницы, обитые золотом, вместе с их лошадьми".
Кадеш с остатками армии с поля боя бежал. После этого египтяне принялись грабить лагерь побежденных и упустили возможность ворваться в крепость на плечах противника. Им пришлось осадить Мегидо. Через 7 месяцев крепость капитулировала. Трофеями египтян стали 924 колесницы, 2238 лошадей и тысячи голов скота. После этого египтяне разрушили ещё несколько палестинских крепостей. Все 330 князей, захваченных в Мегидо, признали власть фараона. Однако для полного подавления восстания Тутмосу пришлось совершить ещё 15 походов в Палестину.
Победа Египта в битве при Мегидо была неслучайной. Она была достигнута благодаря лучшей организации и дисциплине армии Тутмоса Третьего. В войске фараона служили как египтяне, так и ливийские и нумидийские наёмники. Противостоявшее фараону палестинское войско состояло из отрядов князей, что плохо взаимодействовали между собой. Египетское войско делилось на подразделения в 6, 40, 60, 100, 400, и 600 воинов. Подразделения объединялись в отряды в 2, 3, и 10 тысяч человек. Обычно, армия состояла из 3 или 4 отрядов различной численности. При таком расчлененном боевом порядке можно было сравнительно легко и быстро совершать длительные марши и осуществлять сложные маневры.
Благодаря подробной надписи на стене Карнакского храма Амона мы знаем о всех событиях войны Тутмоса III в Палестине. Все походы нашли свое отражение на стенах храма: в 1461 году до н.э. египтяне взяли крепость Уарджей; в 1460 году до н.э. опустошили окрестности Каадеша; в 1459 году до н.э. пала Уллаза; в 1457 году до н.э. война перекинулась на территорию Митанни. Египтяне выбили митаннийских царей из Сирии. В это время в Митаннии начались внутренние смуты и государственная власть ослабла.
Однако, для продолжения успешной войны фараону нужен был флот. Большое количество кораблей из ливанского кедра было срочно построено в Финикии и на повозках доставлено к Евфрату. Но переправившись на другой берег, Тутмос III не нашел там митаннийцев. Они бежали. "Ни один из них не смел оглянуться, побежали дальше, как стадо степной дичи". Посадив войско на корабли, фараон двинулся вниз по реке, разрушая города и селения.
"Я зажег их, моё величество превратило их в развалины, – писал Тутмос. – Я забрал всех их людей, увезенных пленниками, их скот без числа, а также их вещи, я отобрал у них жито, я вырвал их ячмень, я вырубил все их рощи, все их плодовые деревья".