Однако в это время Юстиниан, подозревавший, что Велизарию свойственны определенные политические амбиции, отозвал его — отчасти и из-за того, что вторжение нового и энергичного царя Персии Хосрова (Хусру) I угрожало крупными проблемами на востоке. В 540 г. Хосров I вторгся в пределы империи и захватил Антиохию, один из богатейших и важнейших городов Сирии; поскольку незадолго перед вторжением остготы отправили посольство в Персию, возможно, что это вторжение стало результатом сговора между готами и персами, стремившимися использовать занятость имперских войск на западе, в то время как готы пытались исправить ситуацию в выгодном направлении для себя. И при отсутствии Велизария готы под руководством нового короля Тотилы за короткое время сумели вернуть себе Равенну, Рим и большую часть Италии. Ромеям потребовалось еще десять лет мелких кампаний по всей Италии, чтобы окончательно сломить сопротивление остготов, но к этому времени завоеванная страна была настолько истощена, что едва могла содержать новоявленную имперскую бюрократию.
Амбициозные планы Юстиниана простирались очень далеко. Но на деле ко всему достигнутому ему удалось добавить только восстановление имперской власти в южной Испании, отвоеванной у вестготов, также ариан. Стремясь возродить былое величие Рима, император велел произвести кодификацию римского права, в результате чего появились «Дигесты» и «Кодекс Юстиниана», которые впоследствии предоставили основу для развития византийского законодательства. Стремясь играть роль правителя империи и защитника никейского вероучения (православия) и церкви, Юстиниан подавил последние очаги язычества в империи, а также провел ряд административных реформ и преобразований с целью модернизации государственного управления. Однако его стремление вмешиваться в церковные дела привело Юстиниана к конфликту с папской властью в отношении, например, так называемых «трех сочинений». В 543 г. император издал указ против написанных в IV–V вв. «трех сочинений» (авторами которых были Феодор Мопсуэстский, Феодор Кирхский и Ибат Эдесский, обвиненные монофизитами в несторианстве). Целью эдикта было умиротворение монофизитов. Документ должен был быть поддержан папой римским Вигилием. Тот и вправду — не сразу — поддержал эдикт, но это решение встретило сопротивление в Западной церкви, и в 553 г. Константинопольский собор осудил «три сочинения». Папа был арестован императорской гвардией и вынужден был подтвердить свое согласие. Однако новая попытка компромисса не удалась из-за отказа монофизитов принять «ново-халкедонскую» позицию.