По мнению многих конспирологов, президент Эйзенхауэр создал «Мажестик-12» (MJ-12), совершенно секретный комитет, куда вошли военные, представители разведслужб и ученые, с целью скрыть истинные обстоятельства дела, главным образом касавшиеся обнаружения четырех «внеземных биологических существ» на месте крушения.
Хотя большая часть копий документов MJ-12 — явная мистификация, военные и разведслужбы несколько раз возвращались к расследованию этого дела (и других случаев наблюдения НЛО). По результатам долгосрочного проекта военно-воздушных сил «Голубая книга», в ходе которого изучались НЛО, был сделан вывод о том, что все случаи обнаружения НЛО можно объяснить за счет природных явлений. Группа Робертсона, секретный комитет из ученых, созданный ЦРУ в 1953 году, также пришла к заключению об отсутствии веских доказательств, позволяющих считать НЛО явлениями внеземного происхождения. Однако в 1997 году в журнале ЦРУ Studies in Intelligence появилась статья, в которой признавалось, что история с метеозондом действительно была придумана для отвода глаз и что даже Совету национальной безопасности было приказано (по рекомендации группы Робертсона, явно обеспокоенного вероятностью массовой истерии в связи с этим случаем) разоблачить слухи об НЛО при помощи таких средств, как проект «Голубая книга».[49] В статье говорилось, что от общественности нужно было скрыть факт существования высотных самолетов-шпионов и прочих экспериментальных летательных аппаратов. С появлением целого ряда сенсационных книг о Росуэлле член палаты представителей от Нью-Мексико Стивен Шифф настоятельно посоветовал счетной палате США собрать все документы по этому делу. Этот шаг подтолкнул американские военно-воздушные силы начать собственное полугодовое расследование, завершившееся в июле 1994 года докладом, в котором говорилось, что на землю упал не метеозонд, а шар-зонд, запущенный в рамках совершенно секретного проекта Mogul, целью которого была слежка за ядерными испытаниями Советского Союза. В ответ на критические высказывания уфологов, подметивших молчание первого (и предположительно наиболее полного) доклада насчет тел пришельцев, по общему мнению, обнаруженных на месте событий, ВВС продолжили расследование. Согласно предложенному объяснению, в 1950-х годах военно-воздушные силы США использовали манекены в экспериментах с высотными парашютами, так что местные очевидцы, возможно, уже задним числом объединили крушение с манекенами, чтобы создать росуэлльский миф о найденных телах пришельцев.