В правление Карла V (перв. пол. XVI в.) для усиления влияния на дела провинций была сделана попытка перенести в Нидерланды систему управления в духе абсолютизма. Основные полномочия государя перешли к его наместнику — генеральному стадхаудеру. По реформе 1531 г. при наместнике сложилось несколько административных органов (в последующем эта административная организация сохранилась в южной части Нидерландов — Бельгии). Важнейшим был Государственный совет. В нем решались общеполитические и административные дела, вопросы военной безопасности, церковного, центрального и местного управления, а также внешней торговли. Составляли его представители аристократии.
В 1560-е гг. из совета выделился узкий его состав под названием Консульты во главе с наместницей Маргаритой Пармской и кардиналом. Остальные члены совета играли формальную роль. Собирался совет только по усмотрению самого наместника.
Тайный совет ведал законодательной работой. Традиционно его составляли правоведы-легисты под руководством одного из вельмож. Кроме разработки проектов внутренних законов и распоряжений наместника, этот совет рассматривал судебные дела, контролировал работу низших судов, давал рекомендации наместнику по замещению вакантных должностей в центральной и местной администрации.
Финансовый совет управлял королевским доменом, осуществлял общее руководство финансовой и налоговой политикой. Состоял он из трех вельмож и трех специалистов, а также нескольких чиновников. У этого совета были специальные внутренние ведомства: Счетная и Казначейская палаты (по взиманию налогов) и Монетный двор.
Органом высшего суда и судебного надзора был Большой Совет, который состоял из профессиональных правоведов. Специализированные судебные ведомства решали наиболее важные — ленные и торговые споры.
Местная администрация представляла только наместника и подчинялась ему. Ее составляли разного рода должностные лица (местные стадхаудеры, бальи, маркграфы и т. п.), полномочия которых были одновременно и административными, и судебными. Земли и провинции исторически располагали значительной автономией.
Традиционным представительным органам — Генеральным штатам, провинциальным штатам (собраниям) — в реализации государственной власти принадлежало незначительное место, и оно все более сокращалось. Созывались Генеральные штаты только по распоряжению короля, в личном присутствии стадхаудера и только для вотирования налогов. Никаких содержательных обсуждений политических дел там не допускалось. Депутатский состав штатов был традиционным и включал преимущественно представителей дворянства, католического духовенства и городской аристократии; в некоторых провинциях к участию допускались и старосты сельских общин (там, где не было городов).