Высшим органом конфедерации были Генеральные штаты. Важнейшие их полномочия были определены по акту Утрехтской унии. В компетенцию Штатов входило принятие общих для всех провинций законов, управление колониями и зависимыми от провинций землями, контроль за высшими судебными и административными учреждениями, утверждение в высших военных и административных должностях. Каждая из семи провинций располагала в Штатах только одним голосом — так обеспечивалось политическое равенство членов конфедерации. Однако на собрания съезжались делегации. С 1593 г. Генеральные штаты стали работать постоянно, заседали в них уже специальные советники. В полном составе Штаты собирались раз-два в год. В решении политических вопросов депутаты от провинций не обладали самостоятельностью, а голосовали на основе императивного мандата, т. е. соответственно предоставленнымим полномочиям.
К XVII в. Генеральные штаты сформировали собственную исполнительную структуру. Представительская и председательская роль принадлежала великому пенсионарию. Поначалу он только готовил заседания Штатов, вносил предложения по работе, а также ведал иностранными делами и текущими дипломатическими сношениями. Позднее пенсионарий стал как бы главой Республики, принимал иностранных послов, играл и роль канцлера государства. Рядом с ним в аппарате Штатов была и должность секретаря, ведавшего государственным делопроизводством.
Монархическое начало в новой государственности было представлено постом стадхаудера, наследственного в династии Оранских. Формально Объединенные провинции такого поста не знали, и стадхаудер был только в Голландии. Но поскольку это была крупнейшая провинция, роль ее правителя выросла до общегосударственной. Стадхаудеру принадлежало право участия в Генеральных штатах (без права голоса). В качестве «почетной привилегии» он занимал посты главнокомандующего, председателя Государственного совета, генерал-адмирала (с 1584 г.), считался председателем всех высших судов, назначал должностных лиц. Как «главный гарант соблюдения истинной веры» правитель имел полномочия регулировать столь важные тогда церковные дела. Стадхаудеры имели полномочия от своего имени вести внешнеполитические дела (и в XVII в. было не редкостью для Нидерландов, что внешнеполитические позиции правителя и Штатов не совпадали).
На место ликвидированных правительственных органов прежнего режима были созданы общеадминистративные советы. Формировали их Генеральные штаты. Военный совет осуществлял высшее военное руководство и некоторые дела, связанные с организацией армии. Более важную роль играл