В газете Гучкова «Голос Москвы» появилось открытое письмо приват-доцента Московской духовной академии Новоселова церковным властям о «хитром заговорщике против святыни церкви государственной, растлителе чувств и телес человеческих — Григории Распутине». Номер газеты был конфискован, и в Думу был внесен соответствующий запрос, который первым подписал Гучков. «В сущности, — пишет Родзянко, — запрос вынес целиком дело на суд общества. Статья в «Голосе Москвы», за которую номер был конфискован, приведенная полностью в тексте запроса, попала в стенографические отчеты и была напечатана поэтому во всех газетах». Одновременно Гучков через баронессу Икскуль познакомил Распутина с В. Бонч-Бруевичем, известным специалистом по сектантству, ожидая, видимо, поддержки в критике «еретика» Распутина. Вскоре в журнале «Современник» появилось и заключение Бонч-Бруевича о полной религиозной ортодоксальности «старца». Неизвестно, какую роль в этой неожиданной поддержке Распутина сыграла партия большевиков, к которой принадлежал Бонч-Бруевич. «Потом, — говорил Гучков, — когда я ознакомился с личностью Бонч-Бруевича и с его ролью во время [правления] большевиков, я стал задумываться, <…> не пришел ли он к тому убеждению, что это явление полезно для них, спекулировавших на разложении старой власти».
В конце 1911 г. в Петербурге распространились копии нескольких писем, адресованных Распутину, одно из которых было написано Императрицей, остальные Великими Княжнами. Письма распространялись «со ссылкой на А. И. Гучкова». Хотя ничего подозрительного письма не содержали, факт переписки Царской Семьи с Распутиным заставил Петербург насторожиться. До сих пор неясно, кто же в действительности распространял эти письма. Ненавидящий Гучкова Милюков убежден, что распространял именно Гучков, Коковцов осторожно уходит от прямого ответа, Курлов и вовсе пишет, что письма распространял тот же Илиодор, который и отобрал их оригиналы у Распутина. Государю, по всей вероятности, доложили, что виноват Гучков. Но Гучков не только не отрекся от писем, но и в то же время продолжал свою кампанию против Распутина.
9 марта 1912 г. он произнес в Думе свою знаменитую речь по смете Святейшего синода. Гучков начал с того, что «нужно особое душевное настроение, мне не свойственное, особый склад ума, я скажу, души, мне чуждый, чтобы сосредоточить свое внимание и свои слова на вопросах, как страхование церковного имущества, уравнение епископских окладов», т. е. чтобы во время прений по смете Синода говорить о смете Синода. «Хочется говорить, хочется кричать, что церковь в опасности и что в опасности государство». Опасность, по мнению оратора, создавал Распутин, «загадочная трагикомическая фигура — точно выходец с того света или пережиток темноты веков, странная фигура в освещении XX столетия». «Вдумайтесь только, — говорил Гучков, — кто же хозяйничает на верхах, кто вертит ту ось, которая тащит за собой