Модификацией серийного Ил-96-300 является самолет Президента России Ил-96-300ПУ (построено два экземпляра). В 1993 г. на базе первого прототипа Ил-96-300 построен опытный самолет Ил-96МО с американскими двигателями PW2337 тягой 17 000 кгс, авионикой фирмы «Рокуэлл-Коллинз» и увеличенной на 9,35 м длиной фюзеляжа, проходивший летные испытания с апреля того же года. Планировался большой заказ на серийные Ил-96М, предназначенные для перевозки 333 пассажиров (в двухклассной компоновке) на расстояние 13 000 км, но он не состоялся. Параллельно был разработан грузовой вариант Ил-96Т с аналогичными силовой установкой и длиной фюзеляжа, для перевозки грузов массой до 92 т на расстояние до 14 000 км. Опытный Ил-96Т проходил летные испытания с мая 1997 г., получил сертификат типа АР МАК 31 марта 1998 г., а в июле 1999 г. был сертифицирован в США по нормам FAR. Планировался заказ от Аэрофлота, также нереализованный. Вместо этого в 2003 г. были начаты работы по грузовому варианту этого самолета с отечественными двигателями ПС-90А1 тягой 17 400 кгс – Ил-96-400Т. Первые контракты на покупку четырех таких машин авиакомпаниями «Волга-Днепр» и «Атлант-Союз» подписаны летом 2005 г. (см. «Взлёт» №7/2005, с. 7). Кроме того, в конце 80-х – начале 90-х гг. прорабатывалось несколько военных вариантов Ил-96-300 (противолодочный, патрульный, разведчик и т.п.), а также проект Ил-98 с двумя двигателями большой мощности. Реализовать их не довелось.
Всего к настоящему времени построено 18 летных экземпляров самолетов Ил-96 всех модификаций, в т.ч. три опытных, в регулярную эксплуатацию не передававшихся (первый опытный Ил-96-300, затем переоборудованный в Ил-96МО (RA-96000), второй опытный Ил-96-300 (RA-96001) и первый опытный Ил-96Т (RA-96101). К августу 2005 г. в эксплуатации находилось 14 самолетов Ил-96-300:
– в авиакомпании «Аэрофлот» – шесть самолетов (RA-96005, 96007, 96008, 96010, 96011, 96015);
– в авиакомпании «Домодедовские авиалинии» – три самолета (RA-96006, 96009, 96013), при этом один из них (RA-96006) с лета этого года работает на Кубе;
– в авиакомпании «Красноярские авиалинии» – два самолета (RA-96014, 96017), полученные заказчиком в июне и сентябре 2004 г. соответственно;
– в авиакомпании «Атлант-Союз» – один самолет Ил-96-300 (RA-96002);
– в Государственной транспортной компании (ГТК) «Россия» – два самолета: Ил-96-300ПУ (RA-96012) и Ил-96-300ПУ(М) (RA-96016).
Кроме того, один самолет (CU-T1250) был построен в июле 2005 г. по заказу кубинской авиакомпании «Кубана» (Cubana), но заказчику еще не передан.