13 августа 1949 г. Кузнецов был арестован в кабинете Г.М. Маленкова. В этот же день на квартире Кузнецова произвели обыск. В обвинительном заключении на прошедшем в 1950 году суде говорилось, что Кузнецов — «обманным путем пробравшись в ЦК ВКП(б)… повсюду насаждал своих людей — от Белоруссии до Дальнего Востока и от Севера до Крыма». Родионов, например, предлагал не только создать Компартию Российской Федерации, но и учредить собственный российский гимн и флаг — традиционный триколор, но с серпом и молотом. Поэтому намерения сделать более самостоятельной в рамках СССР Российскую Федерацию, поднять роль Ленинграда и Ленинградской области, передав «северной столице» некоторые функции центральной власти, а в будущем сделав даже столицей РСФСР, были налицо. Причем повышение статуса Российской Федерации мыслилось ими не как возрождение подлинных принципов федерализма, а как средство укрепления позиций своего домена — Ленинграда.
На том же суде были вскрыты факты «демагогического заигрывания с Ленинградской организацией, охаивание ЦКВКП(б)… в попытках представить себя в качестве особых защитников интересов Ленинграда, в попытках создать средостение между ЦК ВКП(б) и Ленинградской организацией и отдалить таким образом организацию от ЦК ВКП(б)». Попков и Капустин публично, до суда и ареста, признали, что их деятельность не укладывалась в партийные нормы и носила, таким образом, антипартийный характер.
* * *
Но и это еще оказалось не все. В Совет Министров СССР (а его Председателем был Сталин) поступила докладная записка заместителя председателя Госснаба М. Т. Помазнева о занижении Госпланом СССР (председатель Н. А. Вознесенский) контрольных цифр плана промышленного производства СССР на I квартал 1949 года.
В Госплан была направлена комиссия ЦК, которая провела проверку деятельности Госплана в период его руководства Вознесенским и обнаружила, что при активном участии Вознесенского и Родионова планирование и распределение материальных фондов проводилось на основе личных предпочтений в ущерб интересам государства. Другими словами, используя свои административные возможности в Госплане, Вознесенский активно сколачивал группу своих протеже, которым облегчалась карьера.
Вопрос рассматривался на заседании Совета Министров. Сталин назвал подобные факты следующим образом: «Попытка подогнать цифры под то или иное предвзятое мнение есть преступления уголовного характера». В результате появилась протокольная запись: «Тов. Вознесенский неудовлетворительно руководит Госпланом, не проявляет обязательной, особенно для члена Политбюро, партийности в руководстве Госпланом и в защите директив правительства в области планирования, неправильно воспитывает работников Госплана, вследствие чего в Госплане культивировались непартийные нравы, имели место антигосударственные действия, факты обмана правительства, преступные факты по подгону цифр и, наконец, факты, которые свидетельствуют о том, что руководящие работники Госплана хитрят с правительством».