Однако и сам Гарин не был удовлетворен «Студентами», писавшимися в спешке, — в письме к Михайловскому от 7 февраля 1897 года он характеризует эту повесть как «самую плохую вещь» (имея в виду «Семейную хронику»). Эта самооценка Гарина отчасти совпадала с оценками критики, указывавшей на «нагромождение эффектов» в повести, отравляющих, «удовольствие чтения» («Ежемесячные литературные приложения к „Ниве“», 1896, № 2).
Перерабатывая повесть для отдельного издания 1898 года, Гарин исключает ряд эпизодов, перечисленных в рецензии Сементковского, например трагическую смерть Шурки Неукротимой, самоубийство ее возлюбленного Холмского. Существенные изменения внесены Гариным и в композицию повести. Многие главы перестроены, например: сцена в кафешантане Марцынкевича (X глава) перенесена в XII главу; приход Карташева с Шацким к Ларио (XII глава) — в XIII главу, — таким образом конфликт, который происходит между Ларио, Шуркой Неукротимой и Катей Тюремщицей, а также все связанные с этим последующие события сосредоточены в двух главах. Сокращены и объединены главы XIX и XX, ряд сокращений сделан автором в главах VII, VIII, XII, XVI. Сокращения эти связаны с исключением значительной группы персонажей, не участвовавших в первых двух томах «Семейной хроники», появляющихся в «Студентах» впервые, а следовательно и ряда событий, связанных с ними. В издании 1898 года отсутствуют фигурировавшие в журнальном тексте приятели соседа Карташева по квартире — Гонды, переименованного здесь в Сновидского: Либерман, Холмский, Скрашевский. Из текста повести исключены таким образом эпизоды — именины Гонды, чтение Либерманом своего рассказа «Ревекка», импровизация Холявы, работа на железной дороге Холмского и Скрашевского. Исключена автором последняя глава — возвращение Карташева в Петербург; повесть кончается похоронами Наташи.
Существенную роль играет изменение, внесенное Гариным в издание 1898 года: Карташев заболевает не чахоткой, а сифилисом. В новой редакции более оправданы горькие размышления Карташева о том, что он «брошен, как Жучка, в вонючий колодезь», его желание покончить с собой, овладевшее им отчаяние, попытки оглушить себя вином.
Предпосланный повести в издании 1898 года эпиграф: «Свеча горит и меркнет и вновь горит сильней» (стихотворение К. Бальмонта, напечатанное в № 1 «Русского богатства», где опубликованы и первые главы «Студентов») — в последующем издании снят, по-видимому, как несоответствующий содержанию повести.
В 1903 году издательство «Знание» выпустило три тома «Семейной хроники». Появившийся здесь подзаголовок «Тема и его друзья» уточняет тему повести, ограничивает круг действующих лиц: действующими лицами в последней редакции повести являются друзья Темы, известные читателю по первым книгам «Семейной хроники». Продолжая переработку, начатую для издания 1898 года, Гарин дополнительно исключает ряд персонажей (Сновидский, его друг Явин); исключаются, таким образом, эпизоды ареста Явина за подделку аттестата об окончании гимназии, его разорения, поездки в Монако, самоубийства, причисленные Сементковским еще в рецензии на первую публикацию «Студентов» к «дешевым эффектам». Исключены также: семья доктора Вдовиченко, спасающего больного Карташева, главы, посвященные жизни Карташева у Лопато, друга Вдовиченко, описание болезни Карташева, военная служба, смерть Наташи.