Чем было вызвано подобное отношение президента к похоронам, наверное, мы уже никогда не узнаем. Может быть, это было проявление дипломатических способностей президента, не желающего противостоять Православной церкви.
А может быть, он вспомнил те секретные архивные материалы по «Царскому делу» с которыми он знакомился, будучи на посту первого секретаря Свердловского обкома партии, о чем он писал в своих воспоминаниях. И это не позволило ему с чистой совестью назвать лежащие перед ним человеческие останки именами членов Царской семьи.
Таким образом, к вопросу, содержащемуся в одной из самых загадочных историй XX века: «Кого расстреляли в доме Ипатьева в ночь с 16 на 17 июля 1918 года?», добавился новый вопрос: «Кого же похоронили в Петропавловском соборе 17 июля 1998 года?»
Газеты как бы не заметили двусмысленности церемонии, и поступили на следующий день так же, как и президент: большими буквами — «Вчера в Санкт-Петербурге были преданы земле останки Николая II и его семьи», а ниже — «Выступление президента РФ Бориса Ельцина на траурной церемонии в Санкт-Петербурге». И получилось — Ельцин хоронил Николая II на траурной безымянной церемонии. Т. е., президент РФ откровенно проигнорировал мнение Православной церкви в пользу мнения Бориса Ефимовича Немцова.
После 18 июля 1998 года журналисты, ждавшие последнего решающего слова президента в вопросе идентификации «екатеринбургских останков», как в рот воды набрали. Как говорил кот в «Драконе» Шварца: «Если тебе тепло и сытно — лучше помалкивать».
Правительственная комиссия, созданная для того, чтобы рассмотреть вопросы, «связанные с исследованием обстоятельств гибели семьи российского императора Николая II и лиц из его окружения, расстрелянных 17 июля 1918 года в Екатеринбурге», закончила работу 30 января 1998 года.
Вывод, сделанный Комиссией, представлен в протоколе № 9:
«2.3. Представленные Комиссии документы и фактические материалы в совокупности позволяют сделать вывод о принадлежности останков 9 человек, изъятых в 1991 г. из группового захоронения в окрестностях г. Екатеринбург, членам семьи российского императора Николая II…
Считать, что в результате проведенных работ по идентификации останков с применением доступных современной науке методов исследования получен исчерпывающий научный материал (включая фиксацию анатомического строения и повреждений черепов путем компьютерной томографии), и в связи с этим нет необходимости в дальнейшем сохранении останков царской семьи и лиц из их окружения в качестве объектов исследования, что позволяет провести их захоронение».