«Нешуточное путешествие» называлось, однако, «командировкой», а Пирогов был не из тех, кто не делал разницы между частным вояжем и служебной поездкой. Он тосковал и просиживал долгие часы в заграничных университетах — подбирал прозекторов для академии, покупал оборудование, препараты. Он бежал от дела, не хотел искать в нем утешения. Дело настигало его и утешало.
Проект Анатомического института после долгих колебаний утвержден был «высочайше» — царем. Николай не пренебрегал случаем лишний раз прослыть «покровителем наук». Между внешней, торжественной стороной «покровительства» и делом лежала пропасть. На академика Бэра напялили расшитый золотом мундир, навесили ордена. Но ему долго отказывали в ста рублях на организацию практических работ и на приобретение «порядочного микроскопа». В России читали курс акушерства по руководству, которое повелено было перевести профессору Хотовицкому. Но перевел он его в крепости, где просидел полгода за то, что не пошел по первому зову к супруге гоффурьера, так как принимал роды у собственной жены.
Создание Анатомического института утверждено было «высочайше», и по «высочайшему» распоряжению выпускались в роскошном издании атласы Пирогова — это были результаты труда, этим можно было кичиться. Но Анатомическому институту отвели тесное и неприспособленное одноэтажное здание — Пирогов называл его бараком. Со всех сторон «барак» окружали отделения госпиталя. Откуда ни дул ветер, по клиникам разносился тяжелый запах мертвецкой. В препаровочной зале стояли простые, выкрашенные в красный цвет столы с желобами, уходящими в полые ножки. По ним кровь я различные жидкости стекали прямо под пол здания и впитывались в землю. Возле каждого стола имелась деревянная кадка «для отходов». Холодную залу обогревали две железные печки, зимой вокруг них укладывали для оттаивания штабеля трупов. Хранили трупы в сенях и на чердаке. Здание было заполнено крысами, они бегали по столам даже во время работы. Двенадцать тусклых масляных ламп освещали помещение. «В вечерние часы, — вспоминает современник, — вся эта огромная комната, переполненная трупами во всех положениях и видах, окруженными массою студентов, одетых в черные клеенчатые фартуки, при тусклом освещении и копоти масляных ламп, окутанная облаками табачного дыма, производила странное впечатление, напоминая собою скорее картину пещеры из дантовского ада, чем место для научных исследований». И все-таки это было место для научных исследований! Первый в мире Анатомический институт, из стен которого выходили труды, составившие гордость русской и мировой науки!