Папа Иннокентий VIII вошел в Ватикан «в сопровождении» 16 незаконнорожденных детей. Но, став папой, он щедро заботился не только о них, но и о всей своей многочисленной родне. Таким образом, аристократическая генуэзская семья Чибо стала новой, выдвигающей пап династией. Сын Иннокентия — Франческетто Чибо женился на Маддалене Медичи, сын же Лоренцо Медичи, тринадцатилетний Джованни Медичи, был возведен папой в сан кардинала, он впоследствии стал папой Львом X. Своей династической политикой Иннокентий завоевал себе в качестве союзницы Флоренцию в конфликте, возникшем с Неаполитанским королевством. Все это говорило о том, что «ренессансовый» папа вел политику как один из монархов Италии.
Что же касается высокой политики, то его предшественник, Сикст IV, затеял из-за Анконы распрю с Матьяшем, Иннокентий VIII же стал посредничать в заключении мира между Матьяшем и императором Максимилианом. Вообще-то можно сказать, что, поскольку политика папы Иннокентия стала принимать антигабсбургскую направленность, венгерские короли поддерживали ее. Папа Иннокентий тоже не был решительным сторонником борьбы против турок. Он предпочитал достигнуть мира между Европой и турками путем переговоров. Для своей выгоды он использовал внутренние раздоры, подтачивавшие турецкий императорский двор. Когда он попытался спровоцировать путч герцога Джема против султана Баязеда, окончившийся неудачей, герцог вынужден был в 1489 году искать и нашел убежище в Ватикане. Хотя Матьяш тоже претендовал на бежавшего герцога, папа держал его в виде заложника в Риме. (Султан якобы платил папе годовую ренту за предоставленное герцогу убежище, оказавшееся самым настоящим пленом.)
За все время правления Иннокентия VIII ему приходилось постоянно заниматься проблемами восстановления общественной безопасности в окрестностях Рима. Характерным для обстановки того времени может, например, служить такой факт: высокопоставленная посольская делегация, направленная римским королем Максимилианом, была под Римом ограблена и раздета до нижнего белья разбойниками. Покончить с беспорядками папа попытался реорганизацией администрации Церковного государства. 31 декабря 1487 года своей буллой «Non debet reprehensibile» Иннокентий создал предшественницу будущего государственного секретариата — Camera secretaria, установив, что число проживающих в Ватикане секретарей должно составлять 24. Этот орган функционировал в виде этакой канцелярии папского кабинета. Во главе стоял тайный секретарь, ведомство которого существует и поныне.