Весь понтификат Сикста V символизирует внутреннее противоречие католической реставрации и барокко, но в еще большей степени это символизирует сама смерть выдающегося папы. Восторженные римляне в начале его пребывания на папском престоле соорудили ему статую. Но когда летом 1590 года Сикст V умер, народ, измученный огромными налогами, снес статую папы. Римляне устремились в Капитолий и приняли решение впредь не ставить больше статуй ни одному папе.
После Сикста владыками церкви, быстро сменявшими один другого на срок от нескольких недель до нескольких месяцев, были три папы. В конце концов происпанские кардиналы избрали более молодого папу в лице кардинала Альдобрандини, принявшего имя Климента VIII (1592–1605). Став папой, он по-прежнему оставался уравновешенным и вдумчивым чиновником, много и охотно работавшим за письменным столом. С ним на папском престоле господство личности сменилось господством службы.
Влияние папы в это время — на рубеже XVI и XVII веков — было подобно его влиянию в XI–XII веках. Вновь ожили было идеалы Гильдебрандской эпохи, однако затем в кровавых бойнях Тридцатилетней войны они были навечно погребены. Это возросшее, но непрямое политическое влияние папство обеспечило себе благодаря тому, что церковное обновление совпало с развитием и расцветом абсолютной монархии, для формирования которой католицизм был наиболее подходящей идейной основой. Позднее, в середине XVII века, этот процесс вылился в свою противоположность, и абсолютные монархии окончательно разделались с влиянием папства на жизнь их стран.
Современную теорию папского суверенитета в соответствии с эпохой абсолютной светской монархии разработали иезуиты и в первую очередь кардинал Роберт Беллармин (1542–1621). Согласно его представлениям, светская власть — это тело, а церковная власть — душа; папа назначен Богом надзирать за государствами, для чего он наделен полной, непререкаемой церковной властью. В религиозных делах он имеет право вмешиваться и в управление государствами. Королевская власть по своему происхождению — тоже божественна, но государь осуществляет свое предназначение через руководство народом, поэтому народ может и лишить его этой власти. Так в рамки одного учения вместились и папский абсолютизм, и народный суверенитет. Сохранился и иезуитский тезис о казни тирана, но теперь основной упор в оценке короля делался уже на верность вере.
В то время как переживающее закат испанское владычество вынуждено было в 1609 году принять к сведению победу освободительной борьбы и буржуазной революции в Нидерландах, контрреформация при Клименте VIII и его непосредственных преемниках успешно продвигалась вперед во Франции, в Габсбургской империи (в том числе и в Венгрии) и в Польше. Климент VIII уже не поддерживал Филиппа II в его борьбе против Франции и Генриха IV (1589–1610). Его расчет оправдался, ибо Генрих до тех пор не мог укрепить свою власть на французском троне, пока не помирился с католической церковью. А для этого тогда был только один-единственный путь: возвращение в католицизм. В 1593 году Генрих IV в кафедральном соборе в Сан-Дени торжественно перешел в католическую веру, а папа освободил его от обвинения в еретичестве. Клименту VIII пришлось признать Генриха, коль скоро он не хотел, чтобы французская католическая церковь стала полностью самостоятельной и откололась от Рима. При посредничестве папы в 1598 году завершилась и франко-испанская война, благодаря чему вновь восстановилось европейское политическое равновесие, а папство освободилось от испанской зависимости. Новая французская ориентация принесла свои первые плоды: при поддержке Франции папа добился, что Феррара после того, как там вымерла династия Эсте, стала частью Папского государства. Однако в 1597 году Папское государство потеряло Модену и Реджо. Начиная с этого времени и вплоть до 1791 года — до аннексии революционной Францией Авиньона и графства Венессен — Папское государство существовало в неизменных границах.