Пий VI думал, что остроту антиримского иозефизма он сможет смягчить, сделав ставку на свой личный авторитет в глазах верующего императора. Поэтому весной 1782 года состоялась поездка папы в Вену, так сказать, «Каносса наоборот». 23 марта 1782 года в Хофбурге папа впервые встретился с Иосифом II. Вена приняла папу в соответствии с полагающимся по сему случаю протоколом, и Пий VI оказался в подлинном водовороте помпезных церковных празднеств. Однако Иосиф II остался по отношению к папе верующим, но, будучи верным своему титулу монарха, он поставил государственные интересы выше церковных обязанностей. Папа ни по одному вопросу не смог склонить императора пересмотреть свою церковную политику.
Папа несколько раз беседовал и с высшими священнослужителями монархии. Среди епископов только кардинал Герцан фон Геррах, Сомбатхейский епископ, безоговорочно поддерживал иозефистскую политику. Венский архиепископ-кардинал, а также большинство венгерских епископов во главе с Эстергомским архиепископом графом Йожефом Баттяни считали обидным вмешательство императора в дела церкви. За несколько дней до своего отъезда из Вены папа принял на аудиенции венгерских епископов, которые предостерегли его от новых уступок венскому императору. Но и заверения в верности венгерских епископов не помогли позднему преемнику Григория VII забыть понесенное ему в венском Бурге поражение.
Пий VI еще более решительно выступил против итальянской разновидности иозефизма. Хотя идея государственной церкви воплотилась в жизнь в Неаполе, Ломбардии и в большинстве итальянских государств, антипапскую направленность она получила в первую очередь в Тоскане, во главе которой стоял эрцгерцог Леопольд (в 1790–1792 годах император Леопольд II). На епископском соборе в Пистое в 1786 году были приняты принципы церковной политики, пронизанные янсенизмом и иозефизмом. Пий VI априори отверг решения собора, но только в 1794 году в его булле «Auctorem fidei» итальянский иозефизм был открыто заклеймен.
Баталии вокруг идеи государственной церкви казались лишь вспышками на фоне той борьбы не на жизнь, а на смерть, которая велась между Французской революцией и папством. Оценка взаимоотношений буржуазной революции и церкви всегда была политическим вопросом. В лице Бюше — «утопического социалиста» французского католического рабочего движения — Великая французская революция обрела мощный генератор социального обновления христианства. Однако, по мнению традиционалиста де Местра, его деятельность вполне может быть отождествлена с деяниями сатаны, так как он приблизил осуществление пожелания Вольтера: «Растопчите гадину!»