Модернизм вел свое начало от помыслов прогрессивных теологов, стремившихся согласовать католическую теологию с современной наукой. Наиболее значительным представителем среди них был профессор Католического института француз Альфред Луази, который, идя по стопам протестантской библейской критики, применял метод исторической критики при изучении источников веры. Наиболее значительная работа Луази увидела свет в 1902 году, это была книга под названием «L'evangeli et l'eglise» («Евангелие и церковь»). В ней Луази сделал попытку с помощью средств современной науки подвергнуть анализу Священное писание. В 1903 году Рим включил его работу в Индекс запрещенных книг, а папа осудил применение научных методов в теологии. (Другие модернисты, такие, как французы Леруа, Альберт Хутен, итальянец Ромоло Мурри, англичанин Джордж Тиррелл, немец Дёллингер, хотели совместить современные буржуазные философские системы с католическим вероучением и этикой и провозгласили относительность догматов по сравнению с абсолютистской концепцией церкви.
Для правильного культивирования экзегетики (толкования Библии) и для воспрепятствования критики Библии, подрывающей основы незыблемости христианской религии, папа 27 марта 1906 года в своем апостолическом послании «Quoniam in re biblica» установил для теологов 18 правил изучения Библии и определил также методы ее изучения. Он одновременно осудил историко-критический метод. В 1907 году папа поручил ордену бенедиктинцев пересмотреть Вульгату[52], а 7 мая 1909 года создал папский Институт по изучению Священного писания.
Борясь с модернизмом, Пий X обязал строго и твердо придерживаться схоластики. Программа интегризма, поддерживаемая папой (в защиту цельности учения), основанная на сектантском толковании неотомизма, исходила из того, что на все вопросы частной и общественной жизни ответ следует искать в вере. Это означало, что все стороны культуры и политики — в рамках «Католического действия» — непосредственно подчиняются церковной иерархии. Другой ее целью было исключение модернизма даже административными средствами.
Первым выражением официального интегристского направления можно считать изданный Пием X 3 июля 1907 года декрет «Lamentabili sane exitu» и приложенное к нему осуждение 65 модернистских тезисов. 65 тезисов представляли собой извлечение из экзегетики и истории догматов, а также, главным образом, из произведений А. Луази и других французских авторов, включенных в 1903 году в «Индекс». 28 августа 1907 года папская инквизиция отдала распоряжение, что те священнослужители, которые и впредь будут приверженцами перечисленных заблуждений, подлежат отстранению от должностей.