Вскоре, однако, выяснилось, что полное согласие иллюзорно. Относившийся скептически к фашизму государственный секретарь Гаспарри в начале февраля 1930 года ушел в отставку. Его преемником стал берлинский нунций Эудженио Пачелли. Впервые папа столкнулся с фашистским тоталитаризмом на почве нарушения свободы «Католического действия» и монополизации воспитания молодежи. Против ущемляющих мер папа выступил с протестом в своей энциклике «Non abbiamo bisogno». Объектом критики папа сделал экстремизм фашистского режима, затрагивающий церковь, но Пачелли поспешил сгладить открытый конфликт. Он направил к Муссолини в качестве посредника ответственного за дела ватиканской печати иезуита Таччи Вентури. 2 сентября 1931 года мир уже был достигнут. Ватикан частично выполнил требования фашистов: католические общественные организации сохранялись лишь формально, и они были еще строже подчинены иерархии. (Духовенству и «Католическому действию» вновь было запрещено заниматься любой политической и общественной деятельностью.)
До 1937 года между Итальянским государством и папством мир казался нерушимым, ибо фашистский корпоративный режим многое перенял из того, что Пий XI излагал в отношении общества в энциклике «Quadragesimo anno». Они достигли согласия и в вопросе о деполитизации общества, причем возникла иллюзия, будто фашистское государство стало католическим государством. Этому способствовало также то, что как Пий XI, так и Пачелли были согласны с авантюрой Муссолини в Абиссинии.
Но поскольку в результате войны итальянский фашизм все более становился зависим от германского нацизма, в итальянском фашизме появились и нацистские элементы. Появление в Италии таких отвратительных явлений, как теория расизма и расовые законы, обусловило к концу жизни Пия XI возникновение нового конфликта. Папа усматривал в расистских законах нарушение конкордата, а в более широком смысле — и христианской морали. Расовые законы и их трагические последствия рассеяли иллюзию о том, что возможно внутреннее согласие между фашистским государством и католицизмом. Католицизм без отказа от своих основных принципов не мог примириться с фашизмом, означавшим самый крайний вариант национализма, основанный на расовой теории. Ведь христианство — со времен апостола Павла — представляло собой общечеловеческие начала, противоположные национальной узости, ненависти; поэтому уже по своей природе оно должно было выступить против расовой теории, против любой формы дискриминации.
Еще более критически сложились отношения Ватикана с Германией, а также с немецким фашизмом. Папскую политику в послевоенной Германии непосредственно осуществлял Эудженио Пачелли, бывший вначале нунцием в Мюнхене, затем в Берлине, а позднее ставший кардиналом-государственным секретарем. С самого начала его целью было заключение имперского конкордата, однако осуществить это до 1933 года, до перехода власти в руки нацистов, он так и не смог.