С конца 40-х годов и в теологических взглядах Пия XII произошел консервативный, реакционный поворот. Его энциклика «Humani generis» от 12 августа 1950 года содержала осуждение философских заблуждений Нового времени, возвращая тем самым церковь к курсу, проводимым Пием IX («Quanta сига») и Пием X («Pascendi»). В Ватикане проникновение новейших результатов науки в теологию и в историю церкви рассматривали как проявление модернизма, и энциклика папы вызвала настоящие преследования неомодернистов. Идейно-идеологический поворот совпал с дальнейшим ужесточением политической позиции папы и с ликвидацией прогрессивных католических движений.
Жертвой новых преследований «еретиков» стал ушедший от строгого томизма антифашист и христианский демократ Жак Маритэн (который после 1945 года был также послом Ватикана во Франции). Самого значительного католического философа эпохи, тоже француза Тейяра де Шардена, папа также осудил, многие из работ Тейяра были занесены в «Индекс запрещенных книг», более того, он был даже удален из Европы. Но заставили замолчать и немцев братьев Ранер, теолога Ганса Кюнга, историка в области догматики Иозефа Ратцингера, иезуитов французов де Любака и Даниэлу, доминиканца Ива Конгара, а также кардинала Шухарда (взгляды последнего были позже реабилитированы II Ватиканским собором). Наиболее известным из числа демократических и социальных инициатив было движение французских священников-рабочих, начавшееся с целью отвоевания рабочего класса в форме своего рода хождения в народ. Французское движение священников-рабочих было ликвидировано Пием XII в середине 50-х годов.
Пий XII был покровителем чудес и святых, он догматизировал в атомную эпоху новейшие постулаты веры. Так, он настойчиво и с особым пристрастием способствовал углубленному почитанию Девы Марии. В конце 1950-го Святого года он в апостолической конституции «Munificentissimus Deus» провозгласил догмат о телесном вознесении Марии. В своей энциклике «Fulgens corona» (8 сентября 1953 года) папа провозгласил 1953/54 год «Годом Марии» в связи со столетием провозглашения догмата о непорочном зачатии. В энциклике от 25 марта 1954 года «Sacra Virginitas» трактовался вопрос о сущности девственности, необходимой для святого религиозного образа жизни, и о целибате. В своей энциклике от 11 октября 1954 года «Ad coeli Reginam» он вновь заявил, что тело Девы Марии Бог взял на небо. В это время папа ввел обряд почитания царицы Марии и церковный праздник по этому поводу. В энциклике от 2 июля 1957 года «Le pelerinage de Lourdes», посвященной явлениям Богоматери в Лурде папа призвал весь католический мир усилить почитание Марии.