Собор в Халкидоне одновременно с восстановлением единства вероучения сделал новый шаг навстречу размежеванию восточной и западной церквей. Император добился того, что 28-й канон собора провозглашал: Константинополю на Востоке положено занимать первое место, его епископ по рангу и авторитету стоит наравне с Римом. Таким образом, ранги Константинополя и Рима стали равными. Собор передал под юрисдикцию Константинопольского патриарха церкви провинций Понта, Азии и Фракии. Со времен Халкидонского вселенского собора 451 года можно говорить об окончательно сложившихся пяти патриархатах: в Восточной Римской империи — Константинополь, которому были подчинены Антиохия, Александрия и Иерусалим, а на Западе — равнозначащий с ним Рим. Звание патриарха в Риме впервые применил папа Лев I, а в Константинополе — Акакий. Из соперничества глав церквей обеих столиц Иерусалим, Антиохия и Александрия были окончательно исключены в результате арабских завоеваний. Новый шаг в направлении организационной и административной унификации христианской церкви привел к тому, что патриаршие церкви оказались подчиненными двум центрам, римскому и константинопольскому. Иерархическое равенство Константинопольского и Римского патриархов, верховная церковно-административная власть, осуществленная в восточной церкви, представляли уже серьезную угрозу развивавшемуся в то время универсализму папства.
Равнозначность и обособление Рима и Византии отражали реальное политическое и церковно-политическое положение. В основе углубления противоречий между ними лежали и идеологические обстоятельства.
Монофизитской концепции, укоренившейся на Востоке, соответствовало организационное слияние государства (человеческое) и церкви (божественное) в цезарепапизме (политическое монофизитство).
На Западе отношения между государством и церковью складывались совсем по-иному. Здесь католическое учение о двух природах Христа — божественной и человеческой, пребывающих в единстве, обусловливающих друг друга, но не смешивающихся между собой, — последовательно вело к дуалистической теории. Религия и политика, не смешивающиеся в государственной жизни, но и неотделимые друг от друга, создают единство. Этот западный дуализм стал основой средневековой теории о государстве.
Секрет формирования папской власти к середине V века следует искать в первую очередь в экономическом положении Святого Престола, в его имущественном состоянии, в огромных вкладах и пожертвованиях. Уже в Италии V века папа был самым крупным землевладельцем, и его землевладения (и вне Италии) в последующие века продолжали увеличиваться. Титулы пап (auctoritas, potestas), говорящие и о его светской власти, тоже начали применять с V века.