Гнев франкского короля был вызван не ревностью к церкви, а опасениями за свои державные интересы. Ведь только недавно завоеванные лангобардские герцогства в Италии при поддержке Византии и папства могли успешно выступить против франкских завоеваний. Король Карл извлек из этого урок и поставил папу на место. В первую очередь он окончательно отделил и изолировал папство от Византии и приковал к франкской империи. В 787 году папа получил от Карла земли, соседствующие с герцогством Тоскана, а также имения и города, принадлежавшие Беневенто. Карл также пообещал, что возвратит папе оставшиеся под греческим господством южноитальянские области, ранее принадлежавшие церкви (Неаполь и Калабрию), в случае овладения ими.
Что касается церковно-политического разрыва, то в этом вопросе Карл выступил против II Никейского собора и в своем послании («Libri Carolina») вступил в дискуссию с его решениями. Он не вынуждал папу Адриана отречься от решений II Никейского собора, но потребовал, чтобы на созываемом Карлом в 794 году во Франкфурте соборе бывшей Западной империи папа обеспечил представительство своими послами. На этом соборе председательствовал король; на нем были осуждены решения восточного собора, с чем выразили согласие и папские легаты. Папе был преподан урок: дела христианского сообщества вершат уже не папа и Византия, а Карл при содействии папы.
Папа Адриан скончался в то время, когда рушились его мечты о папском суверенитете. Об избрании его преемника Льва III (795–816) Карл был извещен посольством. Начиная с Павла I, таким образом в качестве простого акта вежливости патриция ставили в известность о результатах выборов. В свое время Византия, а также экзарх требовали, чтобы к ним обращались с просьбой об утверждении еще до посвящения. Однако Лев не только вместе с римскими избирателями дал клятву верности франкскому королю, но и одновременно признавал Карла своим сюзереном. Лев прекратил датировать свои грамоты только годом своего понтификата и стал проставлять также год правления Карла.
Следует учитывать, что папы в Италии для противостояния вновь появившимся арабским (сарацинским) завоевателям и все заметнее наглеющей феодальной аристократии нуждались еще более, чем прежде, в вооруженной защите со стороны франков. Но это можно было обеспечить лишь за счет полного политического подчинения франкскому королю.
В 799 году, во времена понтификата папы Льва, мы встречаемся с новым явлением: под руководством племянника папы Адриана (скончавшегося предшественника Льва) против папы, избранного в соответствии с канонами, подняла мятеж византийская партия. Против папы Льва, как выяснилось, не без основания, был выдвинут целый ряд обвинений (клятвопреступление, предательство, нарушение брака и т. д.). Во время церковного шествия на Льва III было совершено нападение, с него было сорвано одеяние иерарха, его стащили с осла и заключили в монастырь. Льву удалось, обманув бдительность стражей, спуститься по веревочной лестнице и бежать сначала в Сполето, а оттуда к своему господину — Карлу. Эти события интересны во многих отношениях: прежде всего — мятеж был поднят против избранного на законном основании и уже правящего папы, таким образом, была нарушена неприкосновенность папы. Достойно внимания и то, что здесь открыто проявилась и позднее отчетливо просматриваемая неустойчивость, нашедшая выражение в чередовании пап, противостоящих друг другу в силу своих политических ориентации. За понтификатом провизантийского Адриана последовала откровенно профранкская позиция Льва. И наконец, на сцене появляется папский племянник, представляющий сторонников предшествующего папы и проводящий политику, направленную против его преемника.