При Николае I произошел новый церковный разрыв с Востоком. Дискуссии между Византией и Римом формально носили теологический характер. Патриарх Фотий резко критиковал литургию западной церкви, целибат (безбрачие духовенства) и западное толкование догмата о Святой Троице. В 867 году на Константинопольском соборе было объявлено о низложении папы. Однако подлинной причиной дискуссий были острые противоречия между Византией и Римом в вопросе о власти на Балканах, теперь уже из-за Болгарии: болгарский царь Борис обратился в христианскую веру в соответствии с византийским обрядом, но, чтобы вывести свое царство из-под влияния византийских властей, он сблизился с латинской церковью, пытаясь использовать церковное верховенство Рима в качестве противовеса Византии.
Единство было достигнуто лишь ценою отступления Рима. При Адриане II (867–872) VIII вселенский (и в то же время последний всеправославный) собор, который состоялся в 870 году в Константинополе, отверг учение Фотия, а самого патриарха проклял и временно восстановил церковную общность с Римом. Но в то же время на соборе было объявлено решение, согласно которому церковь Болгарии относится к Константинопольскому патриархату.
Папы второй половины IX века использовали ослабление франкской империи для того, чтобы возвысить свою власть над властью императора, по крайней мере в принципе. На Западе церковь тогда уже заставила признать принцип, согласно которому только папа может короновать кого-либо в императоры. Хотя со времен Карла Великого существовала практика, в соответствии с которой император мог сам объявить своего сына соимператором, Лотарь I порвал с этим обычаем, и его сына короновал папа. При распаде имперской власти уже не император выдвигал понравившегося ему кандидата в папы, а папа короновал понравившегося ему кандидата в императоры. Так впервые произошло в 875 году, когда после смерти императора Людовика II из нескольких кандидатов папа Иоанн VIII (872–882) выбрал Карла Лысого. Новый император из чувства благодарности даже формально отказался от юрисдикции над папством и Римом. Папе Иоанну временно удалось восстановить суверенитет римского Святого престола.
В деятельности папы Иоанна VIII значительное внимание было уделено борьбе против арабов. Согласно Фульдской хронике, Иоанн VIII был отравлен своими римскими противниками 15 декабря 882 года. Таким образом, он стал первым в бесславной веренице пап средневековья, который сошел с престола Святого Петра не по причине естественной смерти, а как жертва насилия. Убийство папы Иоанна VIII явилось символической увертюрой к «мрачному веку» папства.