Однако нельзя не отметить один из результатов действий императорских войск. Когда в 965 году скончался Лев VIII, римляне направили в Саксонию к императору свою делегацию, чтобы тот назвал своего кандидата. Намеченный императором Иоанн XIII (965–972) благодаря этому получил большинство голосов, таким образом, избрание было каноническим.
Император Оттон II (972–983) не очень занимался Италией, ибо дома его донимали свои противники. Это способствовало тому, что в Риме вновь к власти пришла партия аристократов. Почти полвека семейство Кресченциев распоряжалось папским престолом. Сын уже упоминавшейся выше Теодоры Младшей, Кресченций, велел заточить в Замок Святого Ангела и убить выдвинутого императором папу Бенедикта VI (973–974). Папу Бонифация VII из рода Кресченциев (973–984) войска императора в свою очередь изгнали из Рима, и Бонифаций, захватив церковные ценности, бежал, не останавливаясь до самой Византии. Вновь папство на протяжении многих десятилетий оказалось между молотом и наковальней, воюющими между собой германским императором и римской аристократией. В 983 году в Германии скончался Оттон II, и на троне оказался 3-летний Оттон III. Воспользовавшись этим, Кресченций путем убийства новых пап восстановили свою власть.
Положение изменилось лишь тогда, когда в 996 году Оттон III взял власть в свои руки и вновь навел порядок в Риме. Оттон, как только получил церковный сан его дальний родственник — немецкий епископ, возвел его на папский престол. Григорий V (996–999) был первым немцем, ставшим папой, за которым последовал затем целый ряд его соотечественников. Уверовавшая в поддержку Византии римская аристократия, возглавляемая Кресченцием, не хотела мириться с немецким господством. Папа, ставленник Оттона, был вновь изгнан, и на папский престол возведен антипапа. Но за это император страшно отомстил. В 998 году Кресченций был обезглавлен на крыше Замка Святого Ангела, антипапа (Иоанн XVI) — низложен, изувечен и, привязанный к спине осла, изгнан из города.
Оттон III не возобновил Оттонианум (Оттоновы привилегии) для пап, а полностью подчинил их своей власти. Он сделал попытку ликвидировать также власть крупных феодалов, но с небольшим успехом. Оттон возвел на папский престол под именем Сильвестра II своего приближенного, учителя и друга, француза Герберта, архиепископа Реймсского, занимавшего папский престол с 999 по 1003 год. Здесь прослеживается аналогия: император Оттон мнил себя новым Константином, во время правления которого папой был Сильвестр I. Император Оттон III и папа Сильвестр II мечтали о Христианской республике, и это воодушевляло их на реставрацию империи. Однако в 1002 году бунт римской аристократии побудил к бегству молодого императора-мечтателя и папу: их власть была еще недостаточной, чтобы держать в узде римлян.