Император Генрих III скончался в 1056 году, новым германским императором стал малолетний Генрих IV. Ослабление императорской власти при регентстве императрицы Агнесс позволило папам окончательно сбросить опеку светской власти. Когда в 1057 году папой избрали кардинала Фридриха под именем Стефана IX (1057–1058), то имперский дом был поставлен в известность об этом лишь позже. В канонических выборах императору предоставлялось лишь право последующего согласия.
Папа Стефан IX назначил кардиналом-епископом Остии Петра Дамиани, одного из идейных вождей романской эпохи. Духовность романской эпохи усвоила мировоззрение Григория I, который хотел оставаться «знающим, но незнающим». Герой романской эпохи — монах, мастер формирования душ. Перед приматом теологии должна преклоняться любая наука. Вождями практических теологов типа Григория были Петр Дамиани и сам Гильдебранд.
Наряду с теологическим обоснованием церковного движения за реформы и политики реформированного папства в первую очередь были нужны правовые аргументы. Для всех руководителей клюнийского движения политической доктриной являлась теория двух властей, выдвинутая папой Геласием. До середины XI века папы придерживались того мнения, что это движение может начаться при поддержке светской власти. До сего времени церковная концепция считала совместимым каноническое избрание с правом короля или какой-либо другой светской власти на инвеституру. Ведь в раннем средневековье под каноническим избранием понимали ритуал, когда назначенного королем или другим патроном епископа (или аббата) в последующем утверждал клир и народ; в современном понимании слова епископа (аббата) не избирали (eligere), а утверждали (probare). Светский патрон преступал каноны лишь в том случае, если, несмотря на протест народа и духовенства, назначал своего кандидата епископом. (Практически так же было и при избрании папы.) Преобразование этого принципа под воздействием клюнийской реформы началось в середине XI века. Идеалом вдохновителей клюнийской реформы было духовенство монашеского типа, не вступающее в брак (поэтому они боролись за целибат), они также выступали за избрание высших духовных лиц, не допуская влияния со стороны светской власти (поэтому они выступали против симонии и светской инвеституры). Реорганизация церкви в монастырском духе была возможна лишь сверху, при поддержке, оказываемой из Рима.
Идеологической подготовке к зреющему между папой и императором конфликту послужила книга кардинала Гумберта «Против симонистов» («Adversus simoniacos») (т. I–III, 1057–1058), содержащая правовые формулировки нового толкования канонических выборов. Согласно Гумберту, канонические выборы состоят из трех частей: 1) первыми избирает духовенство, его право — выдвижение кандидатуры, после духовенства в выборах участвует народ; 2) митрополит утверждает результаты выборов, после чего следует посвящение епископами округи нового епископа во время богослужения; 3) когда все это выполняется в соответствии с ритуалом, политическая власть утверждает результаты. В действительности в то время все происходило как раз в обратном порядке. Согласно же концепции Гумберта, никто, следовательно и князья, не обладает правом инвеституры. Передача церковных должностей и относящихся к ним владений, а также символическое вручение перстня и посоха — исключительно церковный акт, и это могут выполнять лишь посвящающие епископы.