Перед военными контрразведчиками была поставлена задача организовать тщательную проверку этих лиц. Как известно, фильтрацией в СМЕРШе занимался 2-й отдел ГУКР СМЕРШ НКО СССР. Первичная проверка бывших военнослужащих Красной Армии возлагалась на третьи отделения вторых отделов управлений КР СМЕРШ фронтов.
К концу войны в странах Западной Европы и западных зонах Германии оказались миллионы советских граждан. Добыть доказательства преступной деятельности некоторых из них или опровергнуть их входило в задачу военных контрразведчиков. Особое внимание обращалось на выявление отношения союзников к намерениям фашистских спецорганов.
По рассказу генерал-лейтенанта в отставке А.И. Матвеева, активного участника в работе по репатриации наших граждан, он в 1945 году был назначен представителем советской стороны по лагерям в Южной Германии.
А происходило это таким образом. В один из весенних дней сорок пятого года в отдел контрразведки его 47-й гвардейской мотострелковой дивизии прибыл представитель СМЕРШа 1-го Украинского фронта майор Михайлов, который имел специальное задание по проверке этой настораживающей информации.
— В свою очередь, — говорил Матвеев, выступая в совете ветеранов, — я получил указание оказывать самое активное содействие Михайлову в подготовке и проведении спецмероприятий. Работу начали с опроса военнопленных, выявленных абверовцев. Во время боев еще на одерском плацдарме был взят в плен офицер туркестанского легиона Мустафаев. Он привлек внимание в связи с тем, что рота, которой он командовал, прибыла на Берлинский фронт из Южной Германии. Мустафаев оказался довольно словоохотливым и сообщил ряд данных, которые представляли оперативный интерес. В частности, он рассказал, что на место боевых формирований туркестанского легиона, которые отправлялись на фронт, прибывали из Берлина и других районов Восточной Германии какие-то секретный подразделения, среди их личного состава было много выходцев из СССР. После доклада добытой информации Центру было получено указание: «Для более глубокой ее проверки подобрать и направить на юг Германии своих надежных людей». Проведение этой операции было поручено майору Михайлову и мне. Поскольку война подходила к концу, отобранных людей надо было перебросить на юг Германии в потоке беженцев на Запад. Эта операция должна была быть проведена в самые сжатые сроки. Подбор нужных людей из числа советских граждан, служивших в РОА и туркестанском легионе, их проверка, подготовка и переброска через линию фронта были закончены за несколько дней до капитуляции Берлинского гарнизона. В числе переброшенных были Мустафаев и Беспалов, ранее служивший в РОА. Оба прибыли на Берлинский фронт из южно-германского города Ульм. 2 мая Берлинский гарнизон капитулировал. Наши войска расположились в Берлине. Начались мирные дни. Но и в эти дни у военных контрразведчиков было много работы, так как крестоносцы тайной войны уходили в подполье, стремясь раствориться в общей массе военнопленных и мирного населения. Они не собирались разоружаться, и война с ними продолжалась. Осенью 1945 года Центром были получены данные о трагической гибели майора Михайлова, направленного в Южную Германию для выполнения специального задания, начало которому было положено еще до окончания войны. Обстоятельства его гибели были весьма загадочными. Не исключалось предательство со стороны лиц, с которыми он должен был установить контакт…