Неэффективность перехвата высотных целей из-за кратковременного пребывания истребителя на больших высотах, малая эффективность ракет РС-2-У и отсутствие пушечного вооружения, точных систем наведения и предпочтение руководства страны отдаваемое зенитно-ракетным комплексам С-25 и С-75 привело к закрытию работ по теме.
СМ-2/И наряду с новыми управляемыми ракетами К-6, оснащенными поворотными стабилизаторами, а также ИК ГСН, сохранил и все три 30-мм автоматические пушкн НР-30. Правда, отказ от бортового радара заметно снизил возможности этого варианта перехватчика, и на СМ-6 установили РЛС обнаружения и целеуказания «Алмаз-З», которая все же вытеснила артиллерию.
Тем временем ракетчики продолжали совершенствовать свои «изделия» и в 1956 г. один из серийных самолетов постройки Горьковского завода переоборудовали для испытаний УР К-6, оснащенных поворотными стабилизаторами, а самое главное инфракрасными головками самонаведения (ИК ГСН), что должно было существенно улучшить их боевые характеристики. К этому времени стало ясно, что списывать ствольную артиллерию на пенсию еще рано и опытная машина, получившая обозначение СМ-2/И сохранила все три 30-мм пушки НР-30. Правда, посчитав новые УР достаточно «продвинутыми в интеллектуальном отношении», разработчики решили ограничиться лишь оптическим прицелом, а РЛС не ставить, что конечно снизило возможности перехватчика по выходу на цель в сложных метеоусловиях и ночное время.
Результаты испытаний проходивших в 1957 г., в ходе которых было осуществлено 10 пусков по двум программам быстро выявили вышеуказанный недостаток и оснащенный этим же оружием СМ- 6 (созданный на базе перехватчика МиГ-19П) оборудовали РЛС обнаружения и целеуказания «Алмаз-3». Правда, пушечное вооружение для экономии веса при этом сняли. Важнейшим отличием двух построенных прототипов (помимо новых ракет) стало отсутствие замков для подвесных баков, место которых заняли автоматические пусковые устройства АПУ-5М-К. В специальных гондолах под крылом устанавливались фотоаппараты Е-13-300 и АКС-2. Фактически обе ракетоносные «шестерки» являлись не прототипами перехватчика, а летающими лабораториями для испытаний новой СУВ.
По мере оснащения частей авиации ПВО ракетным вооружением в начале 60-х годов на авиаремонтных заводах ВВС в ограниченных количествах проводилась доработка под установку двух ракет РС-2-УС или Р-ЗС выпущенных ранее самолетов. Его установка на МиГ-19П значительно увеличила эффективность перехватчика, но настоящей «длинной рукой» «девятнадцатого» стала ракета с ИК ГСН К-13.