По приказу Уфимской директории корпус Пепеляева перебрасывался на запад Сибири, а самого Анатолия Николаевича произвели в генерал-лейтенанты. С осени восемнадцатого его группировка находилась на Урале. В ноябре Пепеляев участвовал в пермской операции против красных. И тогда же узнал о перевороте в Омске, который привел к власти Колчака.
Пепеляев сразу признал верховную власть адмирала, так как ему была не по душе власть эсера Авксентьева. 24 декабря восемнадцатого года Пепеляев занял брошенную большевиками Пермь, взял в плен более двадцати тысяч красноармейцев и всех отпустил по домам.
В марте девятнадцатого началось всеобщее наступление колчаковцев, и Пепеляев двинул свой корпус на запад. К концу апреля армия Колчака была переформирована, Пепеляев стал командиром Северной группы Сибирской армии. А фронт тем временем замер. Только 30 мая Пепеляев смог начать наступление на Вятку, на соединение с войсками Миллера. В начале июня Пепеляев взял Глазов. Но через три дня его группа была остановлена. За последовавшим отступлением военная удача отвернулась от Пепеляева. В июле девятнадцатого Колчак переформировал свои части и образовал Восточный фронт, который был разделен на четыре армии. Командиром Первой армии был назначен генерал-лейтенант Пепеляев. Начальником своего штаба он назначил новоиспеченного генерал-майора Мизинова, которого знал больше года как боевого, дельного и толкового офицера.
Но фронт уже безостановочно катился на восток. На некоторое время белым удалось задержаться на Тоболе, Пепеляев отвечал за оборону Тобольска. Но в октябре и этот рубеж был прорван красными. В ноябре бросили Омск, началось повальное бегство. Надежд на успех не было никаких. Поредевшая и утомленная, армия Пепеляева подошла к Иркутску. Но большевики организовали хорошую оборону города, и после нескольких штурмом пепеляевцы отошли на восток и затаились в тайге.
Девятнадцатый год кончался страшно. Многие чувствовали, что верховному правителю уготована страшная участь. Чехи его предали, потом Колчака передали в руки иркутского совдепа. Но лишь немногие понимали, что с гибелью Колчака грядет еще более страшная трагедия, даже катастрофа. Весь золотой запас Российской империи, отбитый у красных еще Каппелем и путешествовавший в поезде Колчака, мог достаться красным.
Белые узнали, что один из вагонов с золотым запасом простаивал под неусыпной охраной чехов на дальних путях станции Айшет, на самых ее задворках. Почему большевики разместили его так ненадежно — было непонятно, да и раздумывать времени не было. И тогда Пепеляев решился на немыслимое, но единственно возможное в той ситуации. Собрал наиболее проверенных офицеров своей армии в ударную кавалерийскую сотню и назначил ее командиром Мизинова.