Забив Андреева насмерть, Гагарин продолжал пинать ногами уже труп крепостного, приговаривая: «Твой отец стоил мне 5 тысяч, а за тебя я не пожалею и всего своего имения». После этого он приказал запрягать лошадей и отправился в город.
Через два дня в имение приехали исправник и стряпчий, причем врача, штаб-лекаря Шрейбера, не было еще долгое время, а когда он появился, то никаких признаков насилия на теле не обнаружил, зато в желудке отыскал «малое количество мышьяка». Так возникла официальная версия об очередном самоубийстве, по которой Андреев, после незначительных побоев, выбежал из комнат, вытащил из кармана пакетик с отравой и всыпал себе в рот. Для утверждения этой версии следствия были предприняты некоторые меры: свидетелей удалили из усадьбы: одних разослали в другие имения Гагарина, остальным помещик приказал молчать под угрозой расправы. Находившийся неотлучно рядом с князем исправник Маслов убеждал при этом крепостных, что их обвинительные показания все равно не будут иметь по закону никакой силы. В результате почти все очевидцы подтвердили версию следствия о самоотравлении Андреева. Нашлось только четверо крестьян, смело настаивавших на том, что смерть произошла от побоев помещика. Отчасти настойчивость этих людей, отчасти некоторые другие обстоятельства заставили местную власть в лице уездного предводителя дворянства и уездного стряпчего провести повторное расследование и освидетельствование трупа. Это расследование закончилось тем, что бывший при медицинском осмотре уже другой врач хотя и нашел некоторые «боевые знаки» на голове и других местах, все же сделал вывод, что смерть произошла от отравления мышьяком. Дело снова закрыли, а четверых крестьян, осмелившихся свидетельствовать правду, по распоряжению уездного суда заключили в острог за неповиновение помещичьей власти.
Наконец нашелся кто-то, скорее всего из дворян, когда-то обиженных Гагариным (князь был скор на расправу, и неоднократно возникали скандалы с его участием, когда он не стеснялся рукоприкладствовать и с собратьями по сословию, в частности, избил двоих офицеров), и донес об этом деле в Петербург. В усадьбу приехал из столицы чиновник по особым поручениям Федотов, и расследование началось заново. Как и опасались местные власти вместе с Гагариным, Федотов довольно быстро установил действительные обстоятельства убийства. Единственной заминкой для окончательного обвинения оставалось двойное медицинское заключение об отравлении. Был проведен третий осмотр, в результате которого врач Тиханович определил причиной смерти сильное сотрясение мозга от ушиба головы. Но княжеская сторона не сдавалась и привлекла к осмотру нового влиятельного эксперта, на выводы которого имела основания надеяться. Ожидания Гагарина не были обмануты, новый эксперт подтвердил первоначальную версию об отравлении. Дело должно было закончиться благоприятно для убийцы, но Федотов, благодаря своим полномочиям, сумел передать все результаты экспертиз на рассмотрение в высшую инстанцию — медицинский совет Министерства внутренних дел. Но и здесь мнения специалистов поначалу оказались неопределенными. Совет, обратив внимание на целый ряд упущений врачей при осмотрах тела и, в частности, на то, что все заявления об отравлении были абсолютно голословны и не подтверждены необходимыми химическими исследованиями, счел «невозможным заключить с достоверностью о роде и причине смерти Андреева». И все же, признав показания свидетелей о том, что Андреева практически без одежды водили на морозе с цепью на шее, а также наличие «боевых знаков», доказывающих факт жестокого избиения, и, кроме того, некоторые анатомические изменения, найденные при осмотре внутренних органов, явно бывшие следствием нанесенных травм, медицинский совет пришел к выводу, что именно побои и были причиной смерти.