Особенно активной публичная поддержка Меджлисом и ДУМК этнических сепаратистов и исламских радикалов в Чечне стала с осени 1999 года, когда российские федеральные войска приступили к развертыванию решительных военных действий. Чеченская тема занимала видное место в крымско-татарских газетах «Голос Крыма», «Авдет», «Къырым» и других близких к Меджлису изданиях. Лидеры и активисты Меджлиса, Исламской партии Крыма, радикальной партии «Ада-лет», Крымско-татарского молодежного центра устраивали демонстрации протеста и пикеты у Генерального консульства Российской Федерации в Севастополе, открыто выражали исламскую солидарность с «народом Ичкерии, ведущим мужественную борьбу за свою независимость против российского империализма».
Эта позиция Меджлиса не изменилась и в последующем «Группа, захватившая заложников в Москве, — говорилось в «Обращении» Президиума Меджлиса к главам государств, парламентам, международным организациям и мировой общественности в связи с захватом заложников 23 октября 2002 года, — не сделала ничего такого, что не было бы уже сотни раз бесконтрольно и безнаказанно сделано российскими войсками против гражданского населения Чечни». Существует установка Меджлиса о желательности браков крымских татар с чеченскими вдовами.
Известно, что самовольные захваты земельных участков со стороны татар стали повсеместным явлением До захватов домов русских и украинцев (как в Чечне) еще пока дело не дошло, но отток славянского населения из Крыма в Россию и близлежащие области Украины идет полным ходом. В самом Крыму создаются целые районы компактного проживания татарского населения — Бахчисарайский и Белогорский.
Помимо окончательного переселения крымских татар из мест депортации, Меджлис предусматривает привлечение в Крым иных татар — от Казани и Астрахани до Байкала, переселение в Крым под видом крымских татар любых иных тюрок (азербайджанцев, узбеков и т. д.), возможную репатриацию турецких, румынских и болгарских татар, иммиграцию мусульман иных национальностей (в частности, чеченцев) и максимальное увеличение рождаемости в среде крымских татар.
Согласно многочисленным прогнозам уже к концу нынешнего десятилетия вооруженные выступления татар и насильственные акции по отношению к славянскому населению приобретут повсеместный характер, а в середине 2010-х годов в Крыму вполне может вспыхнуть восстание. Бывший депутат Верховного Совета Крыма Э. Меметов еще в 1993 году заявил: «Мы планируем наши действия в расчете на многие десятилетия, даже столетия Первейшая задача — запугать оккупантов, создать такую обстановку в Крыму, чтобы они сами бежали отсюда, как из Таджикистана. Климат психологической нестабильности…»