Сумгаитский погром вызвал бурную реакцию армянской общественности: в Армении начались митинги, на которых звучали требования в должной мере осудить погромы в Сумгаите и опубликовать полный список жертв, а также принять решение о воссоединении ИКАО и Армянской ССР.
Московские армяне активно поддержали решение соотечественников об отделении от Азербайджана и на армянском кладбище возле церкви «Сурб Арутюн» стали проходить еженедельные организованные митинги с требованием удовлетворить просьбу карабахских земляков и привлечь к ответственности организаторов сумгаитской трагедии.
Осенью 1988 года возобновились нападения на армян в Азербайджане, сопровождавшиеся их изгнанием в Армению. Наиболее крупные армянские погромы произошли в Баку, Кировабаде (Гяндже), Шемахе, Шамхоре, Мингечауре, НахичеванскойАССР. Аналогичным нападениям и насильственным депортациям подверглись и азербайджанцы, проживавшие в Армении (было убито 216 азербайджанцев, включая 57 женщин, 5 младенцев и 18 детей разного возраста; по армянским источникам, число убитых азербайджанцев не превысило 25 человек).
В результате погромов к началу 1989 года из Армении бежали все азербайджанцы и значительная часть курдов, из Азербайджана — все армяне, кроме проживавших в Нагорном Карабахе и отчасти в Баку. В НКАО с лета происходили постоянные вооруженные столкновения, а власти области отказались подчиняться Азербайджану. Была создана неформальная организация — так называемый комитет «Крунк», который возглавил директор Степанакертского комбината стройматериалов Аркадий Манучаров. Его заявленные цели — изучение истории края, его связей с Арменией, восстановление памятников старины. На деле комитет взял на себя функции организатора массовых акций. В Степанакерте прекратили работу почти все предприятия, каждый день проводились шествия по улицам города и массовые митинги Из Армении в Карабах ежедневно приезжали сотни людей. Между Степанакертом и Ереваном был организован воздушный мост, а число авиарейсов порой доходило до 4–8 в день.
12 июля областной Совет принял постановление о выходе из состава Азербайджанской ССР. В январе 1989 года Москва частично вывела НКАО из-под управления Азербайджана, введя там режим чрезвычайного положения и создав Комитет особого управления во главе с А.И. Вольским В Ереване были арестованы члены «Комитета Карабах» во главе с будущим президентом Армении Левоном Тер-Петросяном.
28 ноября 1989 года Карабах был возвращен под фактическую власть Азербайджана: вместо Комитета особого управления был создан Организационный комитет, подчиненный ЦК Компартии Азербайджана Оргкомитету была подчинена комендатура района чрезвычайного положения. Со своей стороны, 1 декабря 1989 года объединенная сессия армянского Верховного Совета и областного совета НКАО провозгласила объединение Нагорного Карабаха с Арменией.