10 августа в районе кишлака Кургов в Бадахшане перешедшие границу таджикские моджахеды захватили в плен пять военнослужащих миротворческих сил СНГ: четверых российских солдат и одного майора русского происхождения из Казахстана Сергея Петухова. По другим данным, захват пограничников был осуществлен силами 12-й афганской пограничной бригады и 29-й пехотной дивизии Афганистана.
11 августа руководство таджикской оппозиции выступило с заявлением, в котором отмечалось, что участники встречи в Москве уклонились от объективного рассмотрения проблемы и поиска путей разрешения конфликта. В документе также говорилось, что заявления руководства Таджикистана о согласии «начать переговоры с оппозицией носят вынужденный, тактический характер и не могут быть приняты всерьез». Подписавшие заявление Д. Дустов и Н. Назруллоев считали, что «руководство оппозиционных партий и движений готово начать переговоры с российским руководством», так как считает, «что именно от России прежде всего зависит достижение мира и стабильности в регионе».
Продолжала обостряться борьба за власть не только между Севером и Югом, но и внутри самого «Народного фронта». На севере, в Ленинабадской области, с лета предпринимался ряд мер, призванных обеспечить устойчивость власти в критической ситуации: создавались параллельные душанбинским органы государственного управления, науки, культуры и другие, должности в которых предоставлялись эмигрантам северотаджикского происхождения из Душанбе. В Ходженте все громче раздавались голоса о неспособности Душанбе стабилизировать ситуацию в республике, а в сознании населения укоренялась идея о необходимости создания в Ленинабадской области свободной экономической зоны. Под предлогом защиты территории от вооруженных исламистов по решению руководства области в конце августа были взорваны два моста через реки Ягноб и Зеравшан на трассе, соединяющей Душанбе с Ходжентом через Гиссарский, Зеравшанский и Туркестанский хребты. Операцией по взрыву руководили лично начальник областного управления КНБ Эргали Курбанов, военком Мамаджонов и один из заместителей председателя Ленинабадского облисполкома. Тем самым процесс реального отделения Ленинабадской области от юга Таджикистана продолжал углубляться.
Свидетельством противоречий между кулябцами и ходжентцами стало письмо бывшего спикера парламента Таджикистана, выходца с севера С. Кенджаева, направленное им 6 сентября руководству республики и носившее антикулябский характер. В письме Кенджаев в ультимативной форме требовал отправить в отставку председателя КНБ С. Захурова, министра внутренних дел Я. Салимова, министра обороны А Шишляннико-ва и первого заместителя председателя Верховного Совета А. Достиева. Там же содержалось требование отправить к прежним местам жительства всех кулябцев, самовольно захвативших квартиры в Душанбе после установления нового режима. Показательно, что эти же требования уже выдвигались в конце августа на митинге в Гиссаре и были направлены против «Народного фронта».