Спустя примерно два десятилетия после раздела Египта между XIII и XIV династиями и начала II Переходного периода он был завоеван группой азиатских народов, известной как гиксосы. Присутствие гиксосов привело к большим изменениям в египетском обществе и во многом подготовило расцвет Египта в эпоху Нового царства.
Самые подробные сведения о завоевании Египта гиксосами содержатся во фрагменте труда Манефона, детально изложенном в I в. н. э. еврейским историком, писавшим на греческом языке, Иосифом Флавием. Согласно этим сведениям, гиксосы сначала укрепились в восточной части Дельты Нила, и их столицей стал город Аварис. Опираясь на этот район, они завоевали всю страну. Результатом археологического изучения Восточной Дельты в XX в., а именно раскопок австрийского исследователя М. Битака, начавшихся в 1960-х гг., стало то, что с гиксосским Аварисом было отождествлено городище в районе современного Телль эль-Даба. Однако оно существовало еще с эпохи XII династии вплоть до Нового царства.
Ряд исследователей, опираясь на археологический материал, предложили отвергнуть сведения Манефона и считать, что имело место не завоевание, а постепенное, еще с эпохи Среднего царства, проникновение азиатов в Египет. На самом деле трудно представить себе, чтобы правители Среднего царства допустили настолько бесконтрольный приток азиатов в страну, что он обернулся ее покорением. Кроме того, само существование Авариса задолго до завоевания Египта гиксосами не только не противоречит сведениям Манефона, но, напротив, согласуется с ними.
Еще одно «недоразумение», возникшее среди египтологов по поводу сведений Манефона о гиксосах, связано с пониманием самого переданного им именования этого народа. Манефон ясно говорит, что оно означает «цари-пастухи», и на основании этого первые исследователи еще в XIX в. соотнесли его с египетским словосочетанием «хекау шасу» («правители кочевников» или «правители-кочевники»). Позднее, однако, в науке укрепилось мнение, что в основе именования «гиксосы» лежит словосочетание «хекау хасут» – «правители чужеземных стран». Вернуться к прежнему истолкованию этого слова помогли сведения средневековых арабских авторов о том, что в истории Египта был период владычества династии амалекитов. Этот народ, хорошо известный и по Библии, обитал в районе Синайского полуострова, где, согласно египетским источникам Нового царства, как раз и жили племена шасу. Таким образом, именование «гиксосы», правильно истолкованное Манефоном, обозначает не просто «род занятий» этого покорившего Египет народа, но и его этническую принадлежность и место первоначального обитания.