Убийство Цаннанцаса привело к обострению начавшегося еще раньше военного конфликта между Египтом и Хеттским царством. В результате Египет потерял все свои владения в Восточном Средиземноморье. Война с хеттами выдвинула на первый план командующего египетской армией Хоремхеба. Он сместил Эйе с престола и сам стал царем.
Важнейшим источником периода амарнской реформы является сам археологический комплекс Ахетатона в районе Телль эль-Амарны, открытый в конце XIX в. и изучавшийся в течение нескольких десятилетий такими египтологами, как У.-М. Флиндерс Питри, Л. Борхардт (именно он открыл знаменитый скульптурный портрет Нефертити), С.-Л. Вулли, Дж. Д.-С. Пендлбери и др. Изучение столицы Эхнатона важно не только потому, что в обнаруженных там текстах отражается ход религиозной реформы (надписи на стелах, размещенных на границе города, гимны Атону, приписываемые иногда самому царю-реформатору, и автобиографии вельмож в скальных гробницах вблизи города), но и потому, что это практически единственный египетский город XVIII династии, доступный целостному изучению (от царского дворца до жилых кварталов).
Памятники времени Эхнатона сохранились и в других районах Египетского государства (в Фивах, Гелиополе, Нубии – Гемпатоне). Самым ярким памятником постамарнского времени следует считать открытую Г. Картером гробницу Тутанхамона.
Внешнеполитическое положение Египта времени Эхнатона, как и в предшествующую ему эпоху, известно по данным архива дипломатической переписки из Телль эль-Амарны (собственно говоря, Эхнатон и перевез в свою новую столицу документы царствования своего отца Аменхотепа III, чтобы иметь их «под рукой» для текущей переписки с современными ему государями Передней Азии).
Религиозные представления Эхнатона изучались такими египтологами, как Дж.-Г. Брестед, С. Олдред, Н. Ривз. В отечественной науке эволюцию религиозных представлений Эхнатона и ряд памятников его времени (в том числе отражающих отношения внутри его семьи и окружения) исследовал Ю. Я. Перепелкин.