В этом направлении работает Лютер.
В 1521 г. на Вормском конгрессе Лютер отстаивает право каждого человека на свободу совести, доказывая, что в человеке есть сторона, в которую не может вмешиваться никакая посторонняя сила.
Все движение в основании своем имело веру в разум, способный свергнуть слепой авторитет. Хотя Лютер впоследствии называл разум "блудницей дьявола", а Кальвин предпочитал "невежество верующего дерзости мудрствующего", но и тот и другой предприняли борьбу, опираясь на разум, не позволявший им принять на веру, без критики, все, чему учила католическая церковь. А такие реформаторы, как Цвингли, Сервет, Социн стояли решительно на рационалистической точке зрения.
К этому времени естественные науки начинают приобретать первенствующее значение. Физика, химия, физиология и анатомия и другие опытные науки увлекают мысль на новые пути.
Подрывается вера в непогрешимость церкви.
Философия открывает борьбу за свободу мысли, она больше не желает быть "служанкой богословия".
Декарт стремится освободить разум от наросших на него предрассудков и провозглашает горделивую фразу: "Я мыслю, следовательно, существую", как единственную основу всякого знания.
Вера в разум, нестесненный какими-либо узами, как единственный путь к истине, вела к открытому рационализму в противоположение господствовавшему до этого догматизму.
В Англии Бэкон Веруламский открывает эру эмпиризма; источником познания признается исключительно опыт, который через чувственные восприятия, путем индукции, создает все человеческое знание.
Взгляд Бэкона находит поддержку Гоббса, который стоит на том, чтобы верить не рассуждая, но в то же время рассуждать, не стесняясь противоречиями религии:
"Догматы религии, говорит Гоббс, нужно принимать для спасения души своей точно так же, как пилюли врача для спасения своего тела, целиком и не разжевывая".
Гуго Граций (род. 1583 г.), представитель чистого рационализма, отстаивает полную веротерпимость и стремится обосновать мораль не на воле Бога, а на Природе.
Рационалистическая философия достигает абсолютного развития в учении Спинозы (род. 1632 г.).
Для Спинозы Вселенная и есть тот Бог, в которого он верует и перед которым преклоняется в чувстве бескорыстной любви. Его вера является пантеизмом, совершенно не соответствует догматам положительных религий, по представлению которых Бог, как Творец мира, не сливается с последним, а обособляется, как Существо, создавшее вселенную из ничего силою Своей свободной воли.
Спиноза стоял за отделение теологии от философии, государства от церкви. Между богословием и философией нет никакой связи, никакого родства. Они отличаются друг друга, как небо от земли.