Структура Комитета предусматривала образование морского технического и финансового отделов, а также канцелярии. В состав морского технического отдела входили техническая комиссия, комиссия по выдаче заказов на сооружение кораблей и комиссия по рассмотрению изобретений и предложений. В этот же отдел включалась группа наблюдающих за постройкой кораблей на судостроительных заводах. Несколько позднее при канцелярии были организованы отделения печати и статистики. На морской отдел возлагалась разработка и рассмотрение проектов судов, которые могли быть приобретены или заказаны промышленности, состава их вооружения и снабжения, а также выработка технических условий, спецификаций и проектов договоров на строительство, организация наблюдения за сооружением кораблей и сдачей их в казну.
К ведению финансового отдела относилась организация сбора денежных пожертвований, их хранение, расходование и составление финансовых отчетов. Последние регулярно публиковались в газете «Новое время», которую издавал А. С. Суворин.
Высшим органом Комитета являлось общее собрание его членов, которое утверждало мероприятия, подготовленные отделами, решало вопросы о типе и количестве приобретаемых или заказываемых кораблей, окончательно устанавливало порядок расходования денежных пожертвований, а также утверждало технические условия и договоры на постройку.
Николай II, желая полностью подчинить себе деятельность Комитета, назначил его председателем великого князя Александра Михайловича. Весьма примечательно, что последний был ярым противником развития флота и в период существования Комитета только тормозил его работу. Почетным членом был избран великий князь Михаил Александрович – брат Николая II. Должность заместителя председателя занимал вице-адмирал в отставке А. А. Вирениус. Деятельность Комитета Определяли, конечно, не отставные адмиралы и отпрыски царской фамилии, а видные ученые и офицеры флота: заведующий опытовым бассейном МТК А. Н. Крылов, старший помощник судостроителя И. Г. Бубнов, профессор санкт-петербурского Политехнического института К. П. Боклевский, преподаватели Военно-морской академии Н. Л. Кладо и Е. Е. Шведе, корабельный инженер полковник Г. Ф. Шлезингер, будущий начальник МГШ капитан 1 ранга Л. А. Брусилов, флагманский инженер-механик штаба Балтийского флота полковник В. А. Винтер{45} и др.
С этого момента в России две организации могли строить военные корабли, или, вернее, заказывать их промышленности, – Комитет и Морское министерство. Однако Комитет располагал наличными денежными средствами на постройку кораблей, а финансовые возможности Морского министерства зависели от результатов обсуждения судостроительных программ и кредитов на их реализацию, утверждаемых голосованием в Государственной думе.