Американские лодки первыми встретились с противником. Но атаки, проведенные по довоенным канонам, с глубины более 100 футов, не имели успеха. Лишь некоторые командиры сумели отвергнуть довоенную доктрину и всплывать под перископ при атаке. В результате первые походы 11 подводных лодок из Пирл-Харбора привели к потоплению всего лишь 11 японских судов.
Вообще начало войны сложилось катастрофически для союзников. Они получили сокрушительный удар в Пирл-Харборе, за которым последовал неизбежный период растерянности и хаоса. А в западной части Тихого океана японцы развернули наступление, и американские корабли были выведены из Манилы на Яву. Для защиты Филиппин были оставлены лишь несколько подводных лодок. «Силайон» оказалась первой лодкой, погибшей в этой войне. Она ремонтировалась в Маниле и попала под удар японской авиации. В лодку попали 2 бомбы, после чего команда сняла с нее все уцелевшее оборудование и затопила. 22 из 28 лодок Азиатского флота были двинуты навстречу японцам, но не добились почти ничего. Плохие торпеды, неверная тактика, неспособные командиры делали свое дело. Особенно удручающими были неполадки с торпедами. Они шли слишком глубоко, сбивались с курса, вообще описывали циркуляцию, угрожая самой лодке, взрывались преждевременно или просто не взрывались… В декабре 1941 года лодки Азиатского флота атаковали 28 целей и выпустили 70 торпед, добившись одного попадания. Лишь командир S-38 Чеппл продемонстрировал обязательную для подводника агрессивность, потопив японский транспорт. До эвакуации из Манилы 26 декабря 1941 года это был единственный успех подводных лодок Азиатского флота.
Желание генерала Макартура наладить снабжение осажденного Коррехидора с помощью подводных лодок поставило перед лодками Азиатского флота новые задачи, к которым они не были готовы. А учитывая малую вместимость отсеков, результат можно было предсказать заранее. Нормально снабжать гарнизон острова оказалось невозможно, зато лодки были отвлечены от решения более важных задач. Лишь в мае Макартур и Азиатский флот отправились в Австралию зализывать раны. Но генерал продолжал рассматривать Азиатский флот как свою собственность и теперь потребовал, чтобы лодки доставляли снабжение филиппинским партизанам.
В июне 1942 года произошла битва при Мидуэе, которая стала поворотным пунктом войны на Тихом океане. Из 12 американских подводных лодок, развернутых вокруг Мидуэя, лишь 4 видели противника, но ни одна не добилась успеха. Зато японская лодка I-168 потопила поврежденный авианосец «Йорктаун» и эсминец «Хамманн». Самым ярким примером отвратительного качества американских торпед является атака «Наутилусом» горящего авианосца «Кага». Лодка выпустила 4 торпеды из носовых аппаратов. Одна застряла прямо в аппарате, две пошли слишком глубоко, четвертая попала в цель, но не взорвалась. Ее воздушный баллон был использован в качестве спасательного плотика одним из матросов авианосца. Как и во время боев на Филиппинах, лодки показали себя плохим средством обороны. Оказалось, что командование Тихоокеанского флота впустую развернуло такое большое число подводных лодок. Их работу могли выполнить гораздо лучше и гораздо меньшими затратами сил самолеты. Впрочем, если бы американские торпеды были чуть надежнее, лодки могли бы добиться и более удовлетворительных результатов.