Именно ему, награжденному многочисленными орденами, сидевшему дважды в тюрьме накануне войны и подорвавшему свое здоровье во время войны, пользующемуся особым доверием Сталина за организационный талант и решительную хватку, — именно ему было поручено руководство работами по созданию в СССР новой, всемогущей атомной отрасли промышленности. Борис Львович стал, по существу, первым атомным министром СССР (начальником ПГУ), ему поручалось строительство первых атомных объектов. Через полтора месяца Ванникову удалось сформировать атомный штаб отрасли в составе 406 сотрудников, разместившийся временно в здании НКВД по улице Ново-Рязанская, 8а, недалеко от Казанского вокзала. Ванникову, согласно вышеприведенному постановлению (п. 3), пришлось возглавить также Технический Совет, предназначенный для рассмотрения самых важных научных и технических вопросов и состоящий из маститых академиков.
На первых заседаниях Технического Совета Ванникову приходилось особенно трудно.
«Вчера сидел с физиками и радиохимиками из Радиевого Института. Пока мы говорим на разных языках. Даже точнее, они говорят, а я глазами моргаю: слова будто бы и русские, но слышу их впервые, не мой лексикон…
Мы, инженеры, привыкли все руками потрогать и своими глазами увидеть, в крайнем случае, микроскоп поможет. Но здесь и он бессилен. Атом все равно не разглядишь, а тем более то, что внутри него спрятано. А ведь мы должны на основе этого невидимого и неощутимого заводские агрегаты построить, промышленное производство организовать».
И все-таки Ванников уловил главное: наиболее важное звено в проблеме — получение ядерной начинки для бомбы. Это мог быть уран-235 или плутоний. Следовательно, задачей ПГУ являлось на первом этапе строительство двух промышленных комбинатов. Одного — для разделения изотопов урана и получения делящегося легкого изотопа урана-235. Второго — для получения оружейного плутония.
Еще не была отработана технология новых производств, не существовало даже проектных заданий на строительство этих заводов, но Ванников действовал во фронтовом духе. Его приказ № 032 от 26 декабря 1945 года устанавливал окончательные сроки ввода в действие заводов: сентябрь 1946 года для первого (комбинат № 813) и второй квартал 1947 года для второго (комбинат № 817).
Сроки были абсолютно нереальными. Но Борис Львович не признавал долгой раскачки. Надо выбрать место и начать строительство. А конечные сроки можно потом и подкорректировать. Пусть соревнуются между собой. Какой из комбинатов раньше заработает, такой и будет первая советская атомная бомба: урановой или плутониевой.