Агрегаты мотора защищались внутренним бронированным капотом и специальным бронированным разъемным кольцом. Радиаторы и трубопроводы к ним снизу и сзади прикрывались гнутым бронелистом толщиной 6 мм. Цилиндр винта спереди защищался сферическим диском из брони толщиной 6 мм. В целом бронирование самолета обеспечивало защиту от пуль калибра 12,7 мм. Живучесть повышалась также за счет применения наддува бензобака выхлопными газами от мотора.
Наступательное стрелково-пушечное вооружение самолета включало две пушки НС-37 и столько же пулеметов ШКАС, размещенных в крыле. Попутно заметим, что никаких замечаний по проблемам, связанным со стрельбой из пушек НС-37, в отличие от самолета Ил-2 АМ-38Ф с этими орудиями в ходе испытаний не высказывалось. Это можно объяснить прежде всего более высокими запасами устойчивости Су-6 М-71Ф, его хорошей маневренностью, размещением пушек ближе к продольной оси самолета.
Для стрельбы назад использовалась блистерная установка БЛУБ с пулеметом УБТ калибра 12,7 мм. Бомбовая нагрузка – 200 кг в перегрузку. Размещалась она внутри фюзеляжа в четырех отсеках (по бокам кабины стрелка). В исключительных случаях при базировании на хороших аэродромах можно было подвесить внутри фюзеляжа четыре бомбы ФАБ-100ЦК. либо на внешней подвеске – две ФАБ-250.
П.М.Стефановский предлагал выпускать самолет Су-6 М-71Ф в одноместном варианте с пушками НС-37 и в двухместном – с пушками ВЯ. Кроме того, на двухместном самолете Су-6 он предлагал монтировать мотор М-71Ф С изъятой второй скоростью нагнетателя и дальнейшим форсированием его на малых высотах. Реализация предложений П.М.Стефановского позволила бы иметь сильно вооруженный одноместный бронированный штурмовик и истребитель бомбардировщиков с летными данными, близкими к серийным истребителям противника, а также двухместный бронированный штурмовик с еще более высокими летными данными.
В 1943 г. за создание двухместного штурмовика Су-6 М-71Ф главный конструктор самолета П.О.Сухой был удостоен Сталинской премии 1-й степени. Но высокая оценка лишь «подсластила пилюлю».
Наладить серийное производство мотора М-71Ф в трудных условиях военного времени оказалось довольно сложно, и надо признать, что серьезных усилий в этом направлении со стороны руководства НКАП не предпринималось. Это и решило судьбу Су-6 М-71Ф. Серийно он не строился. В 1944 г. Су-6 М-71Ф был переделан в самолет Су-6 АМ-42 с мотором жидкостного охлаждения АМ-42, который уступал по большинству характеристик запущенному к тому времени в серию самолету Ил-10 с тем же двигателем.