С новым же царем отношения с самого начала сложились иначе — и личные, и в плане оценки Скобелевым его политики. Триумфально встреченный в Москве, Скобелев ожидал похвалы и от самодержца. Но вместо благодарности генералу, оказавшему империи такие важные услуги, царь встретил его сухо, неприветливо. Не предложив Скобелеву сесть, тоном, в котором сквозило презрение, царь спросил: «А какова была у вас, генерал, дисциплина в отряде?»
Определенно назвать мотивы, руководившие царем, затруднительно. Возможно, его поведение объяснялось попыткой Скобелева покинуть весной 1881 г. отряд и прибыть в Петербург, что вызвало, как уже отмечалось, нежелательные для правительства толки в столице и в дипломатических кругах.
Осторожный Александр III мог не только увидеть в этом нарушение дисциплины, но и заподозрить белого генерала в намерении как-то вмешаться в высшие государственные дела. Мысль о том, что беспокойный и чересчур инициативный генерал преследовал такого рода цели, вполне могла возникнуть у Александра III, относившегося к Скобелеву с самого начала недоверчиво. А.З.Манфред на основе материала ЦГАОР выяснил, что еще цесаревичем Александр III питал к Скобелеву чувство антипатии, высказывавшееся им в переписке с великим князем Сергеем. В хранящемся в том же ЦГАОР дневнике цесаревича я обнаружил следующие строки об Ахал-Текинской экспедиции: «12 января. Взят штурмом Геок-Тепе под начальством Скобелева, и текинцы бежали и их преследовали верст 15 и порядком побили. Слава Богу, последняя потеря при штурме не так значительна, как можно было ожидать, и не превышает с убитыми и ранеными 400 человек. Подробностей еще нет, но известно, что Скобелев с отрядом двинулся дальше».
Запись всецело фактологическая, информационная. Сквозь эту информативность проглядывает неприязнь к Скобелеву, по адресу которого лично не сказано ни единого теплого слова. «После блистательного похода в Ахал-Теке Скобелев мне рассказывал, — вспоминал Н.Н.Врангель, — как его принял Александр III. Вместо похвалы он высказал неудовольствие на то, что он, главнокомандующий, не сумел сберечь жизнь молодого графа Орлова, павшего во время штурма». Нет сомнения, что неприязнь цесаревича, а затем венценосца к Скобелеву наряду с личными мотивами объяснялась опасением его популярности, нежеланием ее усиливать.
Прием, оказанный царем прославленному полководцу, получил широкую и — стоит это подчеркнуть — неодобрительную огласку. Поведение царя находили неправильным и бестактным, чтобы не сказать резче. Скобелеву сочувствовали, и намерение царя унизить его давало обратный результат: популярность белого генерала возрастала. Ближайший советник и личный друг Александра III, умный и осмотрительный Победоносцев, понимавший, как невыгодно и даже опасно для царя восстанавливать против себя Скобелева, писал самодержцу об этой огласке: «Об этом теперь говорят и на эту тему поют все недовольные последними переменами. Я слышал об этом от людей серьезных, от старика Строганова, который очень озабочен этим. Сегодня гр. Игнатьев сказывал мне, что Д.А.Милютин говорил об этом впечатлении Скобелева с некоторым злорадством». Под «последними переменами», вызывавшими высказывания недовольных, следовало понимать начинавшуюся реакцию и связанные с этим новым курсом служебные перемещения. Отталкивая от себя Скобелева, царь сам усиливал возможную оппозицию.